Protein–RNA interactions for Protein: Q494X3

ZNF404, Zinc finger protein 404, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF404Q494X3 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF404Q494X3 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF404Q494X3 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZNF404Q494X3 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZNF404Q494X3 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF404Q494X3 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF404Q494X3 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
ZNF404Q494X3 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF404Q494X3 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
ZNF404Q494X3 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
ZNF404Q494X3 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
ZNF404Q494X3 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
ZNF404Q494X3 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
ZNF404Q494X3 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
ZNF404Q494X3 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
ZNF404Q494X3 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
ZNF404Q494X3 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
ZNF404Q494X3 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
ZNF404Q494X3 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
ZNF404Q494X3 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
ZNF404Q494X3 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
ZNF404Q494X3 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
ZNF404Q494X3 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
ZNF404Q494X3 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
ZNF404Q494X3 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
ZNF404Q494X3 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
ZNF404Q494X3 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.7 ms