Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN1BQ07699 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN1BQ07699 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN1BQ07699 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN1BQ07699 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN1BQ07699 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN1BQ07699 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN1BQ07699 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN1BQ07699 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN1BQ07699 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN1BQ07699 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN1BQ07699 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN1BQ07699 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN1BQ07699 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN1BQ07699 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN1BQ07699 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN1BQ07699 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN1BQ07699 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN1BQ07699 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN1BQ07699 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN1BQ07699 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN1BQ07699 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN1BQ07699 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 90.2 ms