Protein–RNA interactions for Protein: Q07654

TFF3, Trefoil factor 3, humanhuman

Predictions only

Length 80 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TFF3Q07654 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TFF3Q07654 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TFF3Q07654 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TFF3Q07654 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TFF3Q07654 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TFF3Q07654 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TFF3Q07654 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TFF3Q07654 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TFF3Q07654 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TFF3Q07654 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms