Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC29.79■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC29.79■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
COL6A1P12109 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
COL6A1P12109 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
COL6A1P12109 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
COL6A1P12109 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
COL6A1P12109 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.73■■■□□ 2.35
COL6A1P12109 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
COL6A1P12109 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.72■■■□□ 2.35
COL6A1P12109 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
COL6A1P12109 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
COL6A1P12109 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
COL6A1P12109 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
COL6A1P12109 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL6A1P12109 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL6A1P12109 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL6A1P12109 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL6A1P12109 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC29.68■■■□□ 2.34
COL6A1P12109 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC29.67■■■□□ 2.34
COL6A1P12109 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL6A1P12109 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL6A1P12109 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL6A1P12109 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
COL6A1P12109 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL6A1P12109 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.33
COL6A1P12109 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.33
COL6A1P12109 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL6A1P12109 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL6A1P12109 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL6A1P12109 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL6A1P12109 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL6A1P12109 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
COL6A1P12109 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
COL6A1P12109 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
COL6A1P12109 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL6A1P12109 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL6A1P12109 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
COL6A1P12109 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL6A1P12109 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL6A1P12109 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL6A1P12109 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL6A1P12109 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL6A1P12109 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL6A1P12109 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL6A1P12109 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL6A1P12109 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL6A1P12109 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL6A1P12109 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL6A1P12109 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL6A1P12109 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL6A1P12109 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL6A1P12109 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL6A1P12109 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
COL6A1P12109 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL6A1P12109 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL6A1P12109 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL6A1P12109 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL6A1P12109 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL6A1P12109 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
COL6A1P12109 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL6A1P12109 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.3
COL6A1P12109 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL6A1P12109 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL6A1P12109 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL6A1P12109 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL6A1P12109 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL6A1P12109 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL6A1P12109 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL6A1P12109 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL6A1P12109 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL6A1P12109 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL6A1P12109 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
COL6A1P12109 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
COL6A1P12109 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
COL6A1P12109 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
COL6A1P12109 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL6A1P12109 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL6A1P12109 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL6A1P12109 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL6A1P12109 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
COL6A1P12109 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL6A1P12109 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL6A1P12109 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL6A1P12109 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL6A1P12109 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms