Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYV6

TRIM55, Tripartite motif-containing protein 55, humanhuman

Predictions only

Length 548 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM55Q9BYV6 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
TRIM55Q9BYV6 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
TRIM55Q9BYV6 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
TRIM55Q9BYV6 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
TRIM55Q9BYV6 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
TRIM55Q9BYV6 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
TRIM55Q9BYV6 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
TRIM55Q9BYV6 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
TRIM55Q9BYV6 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
TRIM55Q9BYV6 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
TRIM55Q9BYV6 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
TRIM55Q9BYV6 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
TRIM55Q9BYV6 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
TRIM55Q9BYV6 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TRIM55Q9BYV6 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TRIM55Q9BYV6 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TRIM55Q9BYV6 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
TRIM55Q9BYV6 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
TRIM55Q9BYV6 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
TRIM55Q9BYV6 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
TRIM55Q9BYV6 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
TRIM55Q9BYV6 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
TRIM55Q9BYV6 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
TRIM55Q9BYV6 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
TRIM55Q9BYV6 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
TRIM55Q9BYV6 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
TRIM55Q9BYV6 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
TRIM55Q9BYV6 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
TRIM55Q9BYV6 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
TRIM55Q9BYV6 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC26.55■■□□□ 1.84
TRIM55Q9BYV6 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
TRIM55Q9BYV6 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TRIM55Q9BYV6 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TRIM55Q9BYV6 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
TRIM55Q9BYV6 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
TRIM55Q9BYV6 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC26.43■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC26.41■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
TRIM55Q9BYV6 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRIM55Q9BYV6 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
TRIM55Q9BYV6 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
TRIM55Q9BYV6 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
TRIM55Q9BYV6 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
TRIM55Q9BYV6 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.7 ms