Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
UBE3DQ7Z6J8 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
UBE3DQ7Z6J8 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
UBE3DQ7Z6J8 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
UBE3DQ7Z6J8 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
UBE3DQ7Z6J8 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
UBE3DQ7Z6J8 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
UBE3DQ7Z6J8 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
UBE3DQ7Z6J8 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
UBE3DQ7Z6J8 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
UBE3DQ7Z6J8 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
UBE3DQ7Z6J8 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
UBE3DQ7Z6J8 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
UBE3DQ7Z6J8 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
UBE3DQ7Z6J8 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
UBE3DQ7Z6J8 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
UBE3DQ7Z6J8 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
UBE3DQ7Z6J8 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
UBE3DQ7Z6J8 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
UBE3DQ7Z6J8 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
UBE3DQ7Z6J8 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
UBE3DQ7Z6J8 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
UBE3DQ7Z6J8 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
UBE3DQ7Z6J8 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
UBE3DQ7Z6J8 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
UBE3DQ7Z6J8 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
UBE3DQ7Z6J8 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
UBE3DQ7Z6J8 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
UBE3DQ7Z6J8 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
UBE3DQ7Z6J8 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
UBE3DQ7Z6J8 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
UBE3DQ7Z6J8 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
UBE3DQ7Z6J8 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
UBE3DQ7Z6J8 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
UBE3DQ7Z6J8 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
UBE3DQ7Z6J8 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
UBE3DQ7Z6J8 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
UBE3DQ7Z6J8 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
UBE3DQ7Z6J8 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
UBE3DQ7Z6J8 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
UBE3DQ7Z6J8 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
UBE3DQ7Z6J8 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
UBE3DQ7Z6J8 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
UBE3DQ7Z6J8 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
UBE3DQ7Z6J8 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
UBE3DQ7Z6J8 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
UBE3DQ7Z6J8 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
UBE3DQ7Z6J8 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
UBE3DQ7Z6J8 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
UBE3DQ7Z6J8 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
UBE3DQ7Z6J8 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
UBE3DQ7Z6J8 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
UBE3DQ7Z6J8 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
UBE3DQ7Z6J8 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
UBE3DQ7Z6J8 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
UBE3DQ7Z6J8 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.11■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
UBE3DQ7Z6J8 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
UBE3DQ7Z6J8 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
UBE3DQ7Z6J8 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms