Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
SYNE3Q6ZMZ3 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
SYNE3Q6ZMZ3 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
SYNE3Q6ZMZ3 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
SYNE3Q6ZMZ3 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
SYNE3Q6ZMZ3 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
SYNE3Q6ZMZ3 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
SYNE3Q6ZMZ3 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
SYNE3Q6ZMZ3 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
SYNE3Q6ZMZ3 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
SYNE3Q6ZMZ3 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
SYNE3Q6ZMZ3 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
SYNE3Q6ZMZ3 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
SYNE3Q6ZMZ3 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
SYNE3Q6ZMZ3 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
SYNE3Q6ZMZ3 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC31.22■■■□□ 2.59
SYNE3Q6ZMZ3 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
SYNE3Q6ZMZ3 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC31.21■■■□□ 2.59
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
SYNE3Q6ZMZ3 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
SYNE3Q6ZMZ3 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
SYNE3Q6ZMZ3 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
SYNE3Q6ZMZ3 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
SYNE3Q6ZMZ3 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
SYNE3Q6ZMZ3 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
SYNE3Q6ZMZ3 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC31.16■■■□□ 2.58
SYNE3Q6ZMZ3 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
SYNE3Q6ZMZ3 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.15■■■□□ 2.58
SYNE3Q6ZMZ3 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
SYNE3Q6ZMZ3 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC31.15■■■□□ 2.58
SYNE3Q6ZMZ3 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC31.15■■■□□ 2.58
SYNE3Q6ZMZ3 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
SYNE3Q6ZMZ3 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC31.14■■■□□ 2.58
SYNE3Q6ZMZ3 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC31.13■■■□□ 2.57
SYNE3Q6ZMZ3 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC31.13■■■□□ 2.57
SYNE3Q6ZMZ3 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
SYNE3Q6ZMZ3 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
SYNE3Q6ZMZ3 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC31.11■■■□□ 2.57
SYNE3Q6ZMZ3 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC31.11■■■□□ 2.57
SYNE3Q6ZMZ3 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
SYNE3Q6ZMZ3 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
SYNE3Q6ZMZ3 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
SYNE3Q6ZMZ3 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
SYNE3Q6ZMZ3 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.07■■■□□ 2.56
SYNE3Q6ZMZ3 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
SYNE3Q6ZMZ3 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC31.05■■■□□ 2.56
SYNE3Q6ZMZ3 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC31.04■■■□□ 2.56
SYNE3Q6ZMZ3 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
SYNE3Q6ZMZ3 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
SYNE3Q6ZMZ3 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
SYNE3Q6ZMZ3 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
SYNE3Q6ZMZ3 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
SYNE3Q6ZMZ3 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.03■■■□□ 2.56
SYNE3Q6ZMZ3 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
SYNE3Q6ZMZ3 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC31.02■■■□□ 2.56
SYNE3Q6ZMZ3 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
SYNE3Q6ZMZ3 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC31.02■■■□□ 2.56
SYNE3Q6ZMZ3 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC31.01■■■□□ 2.56
SYNE3Q6ZMZ3 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC31.01■■■□□ 2.55
SYNE3Q6ZMZ3 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31■■■□□ 2.55
SYNE3Q6ZMZ3 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
SYNE3Q6ZMZ3 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
SYNE3Q6ZMZ3 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC30.98■■■□□ 2.55
SYNE3Q6ZMZ3 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC30.98■■■□□ 2.55
SYNE3Q6ZMZ3 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC30.97■■■□□ 2.55
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
SYNE3Q6ZMZ3 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC30.95■■■□□ 2.55
SYNE3Q6ZMZ3 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC30.94■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.93■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC30.92■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC30.91■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC30.91■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC30.9■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.9■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.9■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
SYNE3Q6ZMZ3 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC30.88■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC30.88■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC30.88■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.8 ms