Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP39Q53GS9 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP39Q53GS9 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP39Q53GS9 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP39Q53GS9 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP39Q53GS9 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP39Q53GS9 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP39Q53GS9 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP39Q53GS9 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
USP39Q53GS9 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
USP39Q53GS9 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP39Q53GS9 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP39Q53GS9 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP39Q53GS9 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP39Q53GS9 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP39Q53GS9 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP39Q53GS9 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
USP39Q53GS9 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
USP39Q53GS9 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP39Q53GS9 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP39Q53GS9 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP39Q53GS9 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP39Q53GS9 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP39Q53GS9 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP39Q53GS9 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP39Q53GS9 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP39Q53GS9 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP39Q53GS9 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP39Q53GS9 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP39Q53GS9 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP39Q53GS9 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP39Q53GS9 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP39Q53GS9 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP39Q53GS9 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC27■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC27■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
USP39Q53GS9 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP39Q53GS9 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP39Q53GS9 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms