Protein–RNA interactions for Protein: Q15853

USF2, Upstream stimulatory factor 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 346 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF2Q15853 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USF2Q15853 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USF2Q15853 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USF2Q15853 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USF2Q15853 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USF2Q15853 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
USF2Q15853 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USF2Q15853 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USF2Q15853 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USF2Q15853 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USF2Q15853 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USF2Q15853 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USF2Q15853 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USF2Q15853 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USF2Q15853 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USF2Q15853 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USF2Q15853 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USF2Q15853 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USF2Q15853 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
USF2Q15853 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USF2Q15853 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
USF2Q15853 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USF2Q15853 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USF2Q15853 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USF2Q15853 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
USF2Q15853 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USF2Q15853 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
USF2Q15853 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USF2Q15853 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
USF2Q15853 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
USF2Q15853 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
USF2Q15853 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
USF2Q15853 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
USF2Q15853 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
USF2Q15853 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
USF2Q15853 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
USF2Q15853 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
USF2Q15853 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
USF2Q15853 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
USF2Q15853 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
USF2Q15853 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USF2Q15853 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
USF2Q15853 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
USF2Q15853 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
USF2Q15853 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
USF2Q15853 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USF2Q15853 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
USF2Q15853 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
USF2Q15853 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USF2Q15853 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
USF2Q15853 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
USF2Q15853 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
USF2Q15853 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USF2Q15853 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USF2Q15853 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USF2Q15853 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
USF2Q15853 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USF2Q15853 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USF2Q15853 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USF2Q15853 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USF2Q15853 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USF2Q15853 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USF2Q15853 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USF2Q15853 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
USF2Q15853 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
USF2Q15853 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
USF2Q15853 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.93
USF2Q15853 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USF2Q15853 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USF2Q15853 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USF2Q15853 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USF2Q15853 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USF2Q15853 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USF2Q15853 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USF2Q15853 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USF2Q15853 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
USF2Q15853 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
USF2Q15853 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USF2Q15853 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USF2Q15853 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USF2Q15853 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USF2Q15853 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USF2Q15853 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USF2Q15853 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USF2Q15853 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USF2Q15853 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
USF2Q15853 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
USF2Q15853 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USF2Q15853 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USF2Q15853 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USF2Q15853 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USF2Q15853 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USF2Q15853 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USF2Q15853 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USF2Q15853 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
USF2Q15853 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USF2Q15853 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USF2Q15853 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USF2Q15853 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USF2Q15853 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms