Protein–RNA interactions for Protein: E9PGA6

C1QTNF3-AMACR, C1QTNF3-AMACR readthrough (NMD candidate), humanhuman

Predictions only

Length 284 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC26.84■■□□□ 1.89
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC26.66■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC26.65■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC26.65■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.1 ms