Protein–RNA interactions for Protein: Q15843

NEDD8, NEDD8, humanhuman

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NEDD8Q15843 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NEDD8Q15843 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NEDD8Q15843 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NEDD8Q15843 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NEDD8Q15843 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NEDD8Q15843 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NEDD8Q15843 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NEDD8Q15843 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NEDD8Q15843 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NEDD8Q15843 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NEDD8Q15843 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
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NEDD8Q15843 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
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NEDD8Q15843 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
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NEDD8Q15843 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
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NEDD8Q15843 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
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NEDD8Q15843 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
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NEDD8Q15843 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NEDD8Q15843 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 92.9 ms