Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COPB1P53618 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COPB1P53618 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COPB1P53618 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COPB1P53618 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COPB1P53618 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COPB1P53618 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COPB1P53618 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COPB1P53618 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COPB1P53618 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COPB1P53618 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COPB1P53618 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COPB1P53618 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COPB1P53618 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COPB1P53618 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COPB1P53618 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COPB1P53618 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
COPB1P53618 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COPB1P53618 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COPB1P53618 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COPB1P53618 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COPB1P53618 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COPB1P53618 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COPB1P53618 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COPB1P53618 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COPB1P53618 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
COPB1P53618 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COPB1P53618 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COPB1P53618 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COPB1P53618 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COPB1P53618 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COPB1P53618 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COPB1P53618 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COPB1P53618 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COPB1P53618 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COPB1P53618 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COPB1P53618 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COPB1P53618 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COPB1P53618 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COPB1P53618 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COPB1P53618 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
COPB1P53618 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COPB1P53618 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COPB1P53618 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COPB1P53618 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COPB1P53618 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COPB1P53618 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COPB1P53618 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COPB1P53618 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COPB1P53618 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COPB1P53618 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COPB1P53618 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COPB1P53618 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COPB1P53618 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COPB1P53618 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COPB1P53618 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COPB1P53618 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COPB1P53618 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COPB1P53618 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COPB1P53618 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COPB1P53618 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COPB1P53618 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COPB1P53618 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COPB1P53618 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
COPB1P53618 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms