RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000639501.1

PMS1-222, Transcript of PMS1 homolog 1, mismatch repair system component, human

TSL 5 BASIC

Gene PMS1, Length 2,506 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PMS1-222	ENST00000639501	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		40.6	■■■■■ 4.09
PMS1-222	ENST00000639501	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		35.45	■■■■□ 3.27
PMS1-222	ENST00000639501	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		35.16	■■■■□ 3.22
PMS1-222	ENST00000639501	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	34.79	■■■■□ 3.16
PMS1-222	ENST00000639501	HRC	P23327	699 aa		34.57	■■■■□ 3.12
PMS1-222	ENST00000639501	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		34.45	■■■■□ 3.11
PMS1-222	ENST00000639501	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		34.15	■■■■□ 3.06
PMS1-222	ENST00000639501	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	34.13	■■■■□ 3.05
PMS1-222	ENST00000639501	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		34.05	■■■■□ 3.04
PMS1-222	ENST00000639501	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	33.95	■■■■□ 3.03
PMS1-222	ENST00000639501	ABCC9	O60706	1549 aa		33.83	■■■■□ 3.01
PMS1-222	ENST00000639501	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		33.77	■■■■□ 3
PMS1-222	ENST00000639501	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		33.49	■■■□□ 2.95
PMS1-222	ENST00000639501	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		33.32	■■■□□ 2.92
PMS1-222	ENST00000639501	NACAD	O15069	1562 aa		33.07	■■■□□ 2.88
PMS1-222	ENST00000639501	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	33.02	■■■□□ 2.88
PMS1-222	ENST00000639501	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		32.86	■■■□□ 2.85
PMS1-222	ENST00000639501	SCRIB	Q14160	1630 aa		32.69	■■■□□ 2.82
PMS1-222	ENST00000639501	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	32.53	■■■□□ 2.8
PMS1-222	ENST00000639501	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	32.53	■■■□□ 2.8
PMS1-222	ENST00000639501	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	32.52	■■■□□ 2.8
PMS1-222	ENST00000639501	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		32.25	■■■□□ 2.75
PMS1-222	ENST00000639501	TRIM41	Q8WV44	630 aa		32.19	■■■□□ 2.74
PMS1-222	ENST00000639501	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	32.18	■■■□□ 2.74
PMS1-222	ENST00000639501	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	32.15	■■■□□ 2.74
PMS1-222	ENST00000639501	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		32.03	■■■□□ 2.72
PMS1-222	ENST00000639501	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	31.9	■■■□□ 2.7
PMS1-222	ENST00000639501	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		31.89	■■■□□ 2.7
PMS1-222	ENST00000639501	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	31.78	■■■□□ 2.68
PMS1-222	ENST00000639501	NEUROD1	Q13562	356 aa		31.77	■■■□□ 2.68
PMS1-222	ENST00000639501	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	31.73	■■■□□ 2.67
PMS1-222	ENST00000639501	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		31.63	■■■□□ 2.65
PMS1-222	ENST00000639501	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	31.58	■■■□□ 2.65
PMS1-222	ENST00000639501	GTF3C3	Q9Y5Q9	886 aa		31.5	■■■□□ 2.63
PMS1-222	ENST00000639501	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	31.44	■■■□□ 2.62
PMS1-222	ENST00000639501	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		31.4	■■■□□ 2.62
PMS1-222	ENST00000639501	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	31.36	■■■□□ 2.61
PMS1-222	ENST00000639501	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	31.32	■■■□□ 2.6
PMS1-222	ENST00000639501	WIZ	O95785	1651 aa		31.28	■■■□□ 2.6
PMS1-222	ENST00000639501	SMARCA4	P51532	1647 aa		31.26	■■■□□ 2.6
PMS1-222	ENST00000639501	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	31.21	■■■□□ 2.59
PMS1-222	ENST00000639501	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	31.19	■■■□□ 2.58
PMS1-222	ENST00000639501	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	31.07	■■■□□ 2.56
PMS1-222	ENST00000639501	MYT1	Q01538	1121 aa		31.06	■■■□□ 2.56
PMS1-222	ENST00000639501	CEP162	Q5TB80	1403 aa		30.98	■■■□□ 2.55
PMS1-222	ENST00000639501	ABCC8	Q09428	1581 aa		30.95	■■■□□ 2.54
PMS1-222	ENST00000639501	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	30.93	■■■□□ 2.54
PMS1-222	ENST00000639501	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		30.93	■■■□□ 2.54
PMS1-222	ENST00000639501	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	30.91	■■■□□ 2.54
PMS1-222	ENST00000639501	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		30.83	■■■□□ 2.53
PMS1-222	ENST00000639501	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		30.79	■■■□□ 2.52
PMS1-222	ENST00000639501	SOGA1	O94964	1423 aa		30.79	■■■□□ 2.52
PMS1-222	ENST00000639501	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	30.76	■■■□□ 2.51
PMS1-222	ENST00000639501	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		30.76	■■■□□ 2.51
PMS1-222	ENST00000639501	SMARCA2	P51531	1590 aa		30.75	■■■□□ 2.51
PMS1-222	ENST00000639501	MIER1	Q8N108	512 aa		30.73	■■■□□ 2.51
PMS1-222	ENST00000639501	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		30.65	■■■□□ 2.5
PMS1-222	ENST00000639501	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	30.63	■■■□□ 2.49
PMS1-222	ENST00000639501	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		30.57	■■■□□ 2.48
PMS1-222	ENST00000639501	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	30.56	■■■□□ 2.48
PMS1-222	ENST00000639501	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		30.53	■■■□□ 2.48
PMS1-222	ENST00000639501	NCAPD3	P42695	1498 aa		30.53	■■■□□ 2.48
PMS1-222	ENST00000639501	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	30.5	■■■□□ 2.47
PMS1-222	ENST00000639501	HMGXB3	Q12766	1538 aa		30.47	■■■□□ 2.47
PMS1-222	ENST00000639501	EEA1	Q15075	1411 aa		30.46	■■■□□ 2.47
PMS1-222	ENST00000639501	GOLGA3	Q08378	1498 aa		30.45	■■■□□ 2.46
PMS1-222	ENST00000639501	CLIP1	P30622	1438 aa		30.18	■■■□□ 2.42
PMS1-222	ENST00000639501	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		30.16	■■■□□ 2.42
PMS1-222	ENST00000639501	KIF21B	O75037	1637 aa		30.15	■■■□□ 2.42
PMS1-222	ENST00000639501	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		30.14	■■■□□ 2.42
PMS1-222	ENST00000639501	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	30.12	■■■□□ 2.41
PMS1-222	ENST00000639501	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		30.11	■■■□□ 2.41
PMS1-222	ENST00000639501	SYNJ1	O43426	1573 aa		30.08	■■■□□ 2.41
PMS1-222	ENST00000639501	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		29.97	■■■□□ 2.39
PMS1-222	ENST00000639501	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	29.97	■■■□□ 2.39
PMS1-222	ENST00000639501	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	29.94	■■■□□ 2.38
PMS1-222	ENST00000639501	APLP2	Q06481	763 aa		29.94	■■■□□ 2.38
PMS1-222	ENST00000639501	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		29.94	■■■□□ 2.38
PMS1-222	ENST00000639501	TSHZ2	Q9NRE2	1034 aa		29.88	■■■□□ 2.37
PMS1-222	ENST00000639501	CFTR	P13569	1480 aa		29.82	■■■□□ 2.36
PMS1-222	ENST00000639501	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		29.77	■■■□□ 2.36
PMS1-222	ENST00000639501	ANP32E	Q9BTT0	268 aa		29.68	■■■□□ 2.34
PMS1-222	ENST00000639501	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	29.68	■■■□□ 2.34
PMS1-222	ENST00000639501	KCNH8	Q96L42	1107 aa		29.68	■■■□□ 2.34
PMS1-222	ENST00000639501	ARAP1	Q96P48	1450 aa		29.66	■■■□□ 2.34
PMS1-222	ENST00000639501	PRDM2	Q13029	1718 aa		29.65	■■■□□ 2.34
PMS1-222	ENST00000639501	NES	P48681	1621 aa		29.64	■■■□□ 2.34
PMS1-222	ENST00000639501	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	29.56	■■■□□ 2.32
PMS1-222	ENST00000639501	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		29.53	■■■□□ 2.32
PMS1-222	ENST00000639501	BCAN	Q96GW7	911 aa		29.52	■■■□□ 2.32
PMS1-222	ENST00000639501	CUX2	O14529	1486 aa		29.52	■■■□□ 2.32
PMS1-222	ENST00000639501	TOP2B	Q02880	1626 aa		29.51	■■■□□ 2.31
PMS1-222	ENST00000639501	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		29.47	■■■□□ 2.31
PMS1-222	ENST00000639501	PRX	Q9BXM0	1461 aa		29.46	■■■□□ 2.31
PMS1-222	ENST00000639501	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		29.46	■■■□□ 2.31
PMS1-222	ENST00000639501	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		29.4	■■■□□ 2.3
PMS1-222	ENST00000639501	MAPKBP1	O60336	1514 aa		29.4	■■■□□ 2.3
PMS1-222	ENST00000639501	ITGAE	P38570	1179 aa		29.39	■■■□□ 2.3
PMS1-222	ENST00000639501	FKBP8	Q14318	412 aa		29.37	■■■□□ 2.29
PMS1-222	ENST00000639501	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		29.37	■■■□□ 2.29

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 137.5 ms