Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
HDDC3Q8N4P3 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
HDDC3Q8N4P3 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HDDC3Q8N4P3 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HDDC3Q8N4P3 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
HDDC3Q8N4P3 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
HDDC3Q8N4P3 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
HDDC3Q8N4P3 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC27.45■■□□□ 1.99
HDDC3Q8N4P3 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
HDDC3Q8N4P3 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
HDDC3Q8N4P3 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
HDDC3Q8N4P3 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
HDDC3Q8N4P3 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
HDDC3Q8N4P3 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
HDDC3Q8N4P3 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
HDDC3Q8N4P3 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
HDDC3Q8N4P3 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HDDC3Q8N4P3 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
HDDC3Q8N4P3 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
HDDC3Q8N4P3 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
HDDC3Q8N4P3 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
HDDC3Q8N4P3 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
HDDC3Q8N4P3 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
HDDC3Q8N4P3 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
HDDC3Q8N4P3 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
HDDC3Q8N4P3 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
HDDC3Q8N4P3 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
HDDC3Q8N4P3 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
HDDC3Q8N4P3 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
HDDC3Q8N4P3 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
HDDC3Q8N4P3 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
HDDC3Q8N4P3 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
HDDC3Q8N4P3 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
HDDC3Q8N4P3 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HDDC3Q8N4P3 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HDDC3Q8N4P3 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HDDC3Q8N4P3 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
HDDC3Q8N4P3 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HDDC3Q8N4P3 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HDDC3Q8N4P3 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
HDDC3Q8N4P3 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
HDDC3Q8N4P3 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
HDDC3Q8N4P3 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HDDC3Q8N4P3 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HDDC3Q8N4P3 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HDDC3Q8N4P3 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HDDC3Q8N4P3 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HDDC3Q8N4P3 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
HDDC3Q8N4P3 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
HDDC3Q8N4P3 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
HDDC3Q8N4P3 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
HDDC3Q8N4P3 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HDDC3Q8N4P3 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
HDDC3Q8N4P3 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
HDDC3Q8N4P3 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
HDDC3Q8N4P3 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
HDDC3Q8N4P3 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
HDDC3Q8N4P3 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
HDDC3Q8N4P3 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
HDDC3Q8N4P3 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
HDDC3Q8N4P3 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
HDDC3Q8N4P3 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
HDDC3Q8N4P3 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
HDDC3Q8N4P3 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
HDDC3Q8N4P3 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
HDDC3Q8N4P3 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
HDDC3Q8N4P3 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
HDDC3Q8N4P3 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
HDDC3Q8N4P3 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
HDDC3Q8N4P3 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
HDDC3Q8N4P3 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
HDDC3Q8N4P3 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
HDDC3Q8N4P3 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HDDC3Q8N4P3 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HDDC3Q8N4P3 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HDDC3Q8N4P3 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
HDDC3Q8N4P3 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
HDDC3Q8N4P3 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC27■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms