Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PDLIM3Q53GG5 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
PDLIM3Q53GG5 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PDLIM3Q53GG5 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PDLIM3Q53GG5 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PDLIM3Q53GG5 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PDLIM3Q53GG5 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PDLIM3Q53GG5 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PDLIM3Q53GG5 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PDLIM3Q53GG5 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PDLIM3Q53GG5 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PDLIM3Q53GG5 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PDLIM3Q53GG5 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PDLIM3Q53GG5 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
PDLIM3Q53GG5 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PDLIM3Q53GG5 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PDLIM3Q53GG5 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PDLIM3Q53GG5 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PDLIM3Q53GG5 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PDLIM3Q53GG5 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
PDLIM3Q53GG5 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PDLIM3Q53GG5 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PDLIM3Q53GG5 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PDLIM3Q53GG5 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PDLIM3Q53GG5 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PDLIM3Q53GG5 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PDLIM3Q53GG5 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PDLIM3Q53GG5 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PDLIM3Q53GG5 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PDLIM3Q53GG5 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PDLIM3Q53GG5 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PDLIM3Q53GG5 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PDLIM3Q53GG5 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PDLIM3Q53GG5 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PDLIM3Q53GG5 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PDLIM3Q53GG5 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PDLIM3Q53GG5 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PDLIM3Q53GG5 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PDLIM3Q53GG5 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PDLIM3Q53GG5 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PDLIM3Q53GG5 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PDLIM3Q53GG5 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
PDLIM3Q53GG5 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
PDLIM3Q53GG5 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
PDLIM3Q53GG5 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PDLIM3Q53GG5 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PDLIM3Q53GG5 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PDLIM3Q53GG5 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PDLIM3Q53GG5 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PDLIM3Q53GG5 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PDLIM3Q53GG5 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
PDLIM3Q53GG5 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
PDLIM3Q53GG5 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
PDLIM3Q53GG5 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
PDLIM3Q53GG5 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
PDLIM3Q53GG5 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
PDLIM3Q53GG5 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
PDLIM3Q53GG5 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
PDLIM3Q53GG5 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
PDLIM3Q53GG5 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
PDLIM3Q53GG5 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
PDLIM3Q53GG5 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
PDLIM3Q53GG5 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
PDLIM3Q53GG5 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
PDLIM3Q53GG5 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PDLIM3Q53GG5 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
PDLIM3Q53GG5 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
PDLIM3Q53GG5 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms