Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
COL7A1Q02388 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL7A1Q02388 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL7A1Q02388 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL7A1Q02388 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL7A1Q02388 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL7A1Q02388 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL7A1Q02388 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL7A1Q02388 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL7A1Q02388 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL7A1Q02388 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL7A1Q02388 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL7A1Q02388 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL7A1Q02388 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL7A1Q02388 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL7A1Q02388 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL7A1Q02388 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL7A1Q02388 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL7A1Q02388 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL7A1Q02388 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL7A1Q02388 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
COL7A1Q02388 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC20■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL7A1Q02388 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
COL7A1Q02388 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL7A1Q02388 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL7A1Q02388 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL7A1Q02388 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL7A1Q02388 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL7A1Q02388 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL7A1Q02388 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL7A1Q02388 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL7A1Q02388 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
COL7A1Q02388 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
COL7A1Q02388 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
COL7A1Q02388 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
COL7A1Q02388 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
COL7A1Q02388 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
COL7A1Q02388 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
COL7A1Q02388 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
COL7A1Q02388 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
COL7A1Q02388 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
COL7A1Q02388 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL7A1Q02388 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL7A1Q02388 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL7A1Q02388 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL7A1Q02388 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL7A1Q02388 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL7A1Q02388 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC19.74■□□□□ 0.75
COL7A1Q02388 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
COL7A1Q02388 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL7A1Q02388 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms