Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
EXOSC4Q9NPD3 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
EXOSC4Q9NPD3 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
EXOSC4Q9NPD3 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
EXOSC4Q9NPD3 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
EXOSC4Q9NPD3 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
EXOSC4Q9NPD3 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
EXOSC4Q9NPD3 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
EXOSC4Q9NPD3 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
EXOSC4Q9NPD3 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
EXOSC4Q9NPD3 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
EXOSC4Q9NPD3 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
EXOSC4Q9NPD3 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
EXOSC4Q9NPD3 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
EXOSC4Q9NPD3 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
EXOSC4Q9NPD3 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
EXOSC4Q9NPD3 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
EXOSC4Q9NPD3 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
EXOSC4Q9NPD3 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
EXOSC4Q9NPD3 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
EXOSC4Q9NPD3 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
EXOSC4Q9NPD3 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
EXOSC4Q9NPD3 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
EXOSC4Q9NPD3 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
EXOSC4Q9NPD3 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
EXOSC4Q9NPD3 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
EXOSC4Q9NPD3 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
EXOSC4Q9NPD3 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
EXOSC4Q9NPD3 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
EXOSC4Q9NPD3 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
EXOSC4Q9NPD3 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
EXOSC4Q9NPD3 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
EXOSC4Q9NPD3 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
EXOSC4Q9NPD3 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
EXOSC4Q9NPD3 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
EXOSC4Q9NPD3 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
EXOSC4Q9NPD3 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
EXOSC4Q9NPD3 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
EXOSC4Q9NPD3 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
EXOSC4Q9NPD3 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
EXOSC4Q9NPD3 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
EXOSC4Q9NPD3 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
EXOSC4Q9NPD3 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
EXOSC4Q9NPD3 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
EXOSC4Q9NPD3 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
EXOSC4Q9NPD3 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
EXOSC4Q9NPD3 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
EXOSC4Q9NPD3 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
EXOSC4Q9NPD3 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
EXOSC4Q9NPD3 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
EXOSC4Q9NPD3 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
EXOSC4Q9NPD3 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
EXOSC4Q9NPD3 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
EXOSC4Q9NPD3 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
EXOSC4Q9NPD3 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
EXOSC4Q9NPD3 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
EXOSC4Q9NPD3 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
EXOSC4Q9NPD3 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
EXOSC4Q9NPD3 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
EXOSC4Q9NPD3 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
EXOSC4Q9NPD3 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
EXOSC4Q9NPD3 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
EXOSC4Q9NPD3 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
EXOSC4Q9NPD3 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
EXOSC4Q9NPD3 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
EXOSC4Q9NPD3 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
EXOSC4Q9NPD3 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
EXOSC4Q9NPD3 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
EXOSC4Q9NPD3 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
EXOSC4Q9NPD3 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
EXOSC4Q9NPD3 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
EXOSC4Q9NPD3 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
EXOSC4Q9NPD3 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
EXOSC4Q9NPD3 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
EXOSC4Q9NPD3 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
EXOSC4Q9NPD3 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
EXOSC4Q9NPD3 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
EXOSC4Q9NPD3 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
EXOSC4Q9NPD3 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.53■■□□□ 1.52
EXOSC4Q9NPD3 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
EXOSC4Q9NPD3 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
EXOSC4Q9NPD3 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
EXOSC4Q9NPD3 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
EXOSC4Q9NPD3 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
EXOSC4Q9NPD3 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
EXOSC4Q9NPD3 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
EXOSC4Q9NPD3 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
EXOSC4Q9NPD3 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
EXOSC4Q9NPD3 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
EXOSC4Q9NPD3 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
EXOSC4Q9NPD3 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
EXOSC4Q9NPD3 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
EXOSC4Q9NPD3 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
EXOSC4Q9NPD3 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
EXOSC4Q9NPD3 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
EXOSC4Q9NPD3 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
EXOSC4Q9NPD3 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
EXOSC4Q9NPD3 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
EXOSC4Q9NPD3 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
EXOSC4Q9NPD3 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.8 ms