Protein–RNA interactions for Protein: Q86TS7

LINC00643, Putative UPF0730 protein encoded by LINC00643, humanhuman

Predictions only

Length 51 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00643Q86TS7 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LINC00643Q86TS7 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LINC00643Q86TS7 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LINC00643Q86TS7 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00643Q86TS7 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00643Q86TS7 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
LINC00643Q86TS7 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
LINC00643Q86TS7 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LINC00643Q86TS7 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LINC00643Q86TS7 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LINC00643Q86TS7 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LINC00643Q86TS7 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LINC00643Q86TS7 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LINC00643Q86TS7 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LINC00643Q86TS7 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LINC00643Q86TS7 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LINC00643Q86TS7 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
LINC00643Q86TS7 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
LINC00643Q86TS7 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
LINC00643Q86TS7 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LINC00643Q86TS7 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LINC00643Q86TS7 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LINC00643Q86TS7 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
LINC00643Q86TS7 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
LINC00643Q86TS7 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
LINC00643Q86TS7 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LINC00643Q86TS7 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LINC00643Q86TS7 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LINC00643Q86TS7 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LINC00643Q86TS7 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LINC00643Q86TS7 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LINC00643Q86TS7 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LINC00643Q86TS7 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LINC00643Q86TS7 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LINC00643Q86TS7 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LINC00643Q86TS7 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LINC00643Q86TS7 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LINC00643Q86TS7 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
LINC00643Q86TS7 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
LINC00643Q86TS7 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
LINC00643Q86TS7 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
LINC00643Q86TS7 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
LINC00643Q86TS7 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
LINC00643Q86TS7 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
LINC00643Q86TS7 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LINC00643Q86TS7 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LINC00643Q86TS7 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LINC00643Q86TS7 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LINC00643Q86TS7 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
LINC00643Q86TS7 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
LINC00643Q86TS7 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
LINC00643Q86TS7 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
LINC00643Q86TS7 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LINC00643Q86TS7 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LINC00643Q86TS7 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
LINC00643Q86TS7 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
LINC00643Q86TS7 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
LINC00643Q86TS7 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
LINC00643Q86TS7 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
LINC00643Q86TS7 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LINC00643Q86TS7 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LINC00643Q86TS7 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LINC00643Q86TS7 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LINC00643Q86TS7 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LINC00643Q86TS7 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LINC00643Q86TS7 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LINC00643Q86TS7 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LINC00643Q86TS7 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LINC00643Q86TS7 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LINC00643Q86TS7 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LINC00643Q86TS7 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LINC00643Q86TS7 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
LINC00643Q86TS7 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC17.39■□□□□ 0.38
LINC00643Q86TS7 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LINC00643Q86TS7 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LINC00643Q86TS7 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
LINC00643Q86TS7 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LINC00643Q86TS7 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LINC00643Q86TS7 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LINC00643Q86TS7 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LINC00643Q86TS7 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LINC00643Q86TS7 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LINC00643Q86TS7 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LINC00643Q86TS7 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LINC00643Q86TS7 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LINC00643Q86TS7 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LINC00643Q86TS7 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LINC00643Q86TS7 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LINC00643Q86TS7 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms