Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC34.35■■■■□ 3.09
SCN9AQ15858 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
SCN9AQ15858 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC34.33■■■■□ 3.09
SCN9AQ15858 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
SCN9AQ15858 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
SCN9AQ15858 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
SCN9AQ15858 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
SCN9AQ15858 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
SCN9AQ15858 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
SCN9AQ15858 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC34.16■■■■□ 3.06
SCN9AQ15858 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
SCN9AQ15858 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC34.15■■■■□ 3.06
SCN9AQ15858 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC34.14■■■■□ 3.06
SCN9AQ15858 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC34.13■■■■□ 3.05
SCN9AQ15858 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.13■■■■□ 3.05
SCN9AQ15858 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC34.11■■■■□ 3.05
SCN9AQ15858 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC34.09■■■■□ 3.05
SCN9AQ15858 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
SCN9AQ15858 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC34.08■■■■□ 3.05
SCN9AQ15858 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
SCN9AQ15858 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC34.04■■■■□ 3.04
SCN9AQ15858 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
SCN9AQ15858 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
SCN9AQ15858 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
SCN9AQ15858 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.02■■■■□ 3.04
SCN9AQ15858 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34■■■■□ 3.03
SCN9AQ15858 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC33.99■■■■□ 3.03
SCN9AQ15858 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.99■■■■□ 3.03
SCN9AQ15858 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC33.99■■■■□ 3.03
SCN9AQ15858 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC33.99■■■■□ 3.03
SCN9AQ15858 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.96■■■■□ 3.03
SCN9AQ15858 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC33.96■■■■□ 3.03
SCN9AQ15858 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
SCN9AQ15858 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
SCN9AQ15858 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC33.94■■■■□ 3.02
SCN9AQ15858 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
SCN9AQ15858 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC33.93■■■■□ 3.02
SCN9AQ15858 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
SCN9AQ15858 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
SCN9AQ15858 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
SCN9AQ15858 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
SCN9AQ15858 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC33.91■■■■□ 3.02
SCN9AQ15858 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC33.91■■■■□ 3.02
SCN9AQ15858 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
SCN9AQ15858 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC33.86■■■■□ 3.01
SCN9AQ15858 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
SCN9AQ15858 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC33.86■■■■□ 3.01
SCN9AQ15858 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
SCN9AQ15858 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.85■■■■□ 3.01
SCN9AQ15858 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
SCN9AQ15858 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
SCN9AQ15858 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
SCN9AQ15858 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
SCN9AQ15858 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC33.83■■■■□ 3.01
SCN9AQ15858 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
SCN9AQ15858 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
SCN9AQ15858 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.79■■■■□ 3
SCN9AQ15858 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
SCN9AQ15858 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
SCN9AQ15858 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC33.78■■■■□ 3
SCN9AQ15858 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
SCN9AQ15858 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
SCN9AQ15858 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC33.77■■■■□ 3
SCN9AQ15858 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC33.75■■■□□ 2.99
SCN9AQ15858 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
SCN9AQ15858 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC33.74■■■□□ 2.99
SCN9AQ15858 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC33.74■■■□□ 2.99
SCN9AQ15858 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC33.73■■■□□ 2.99
SCN9AQ15858 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
SCN9AQ15858 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC33.71■■■□□ 2.99
SCN9AQ15858 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
SCN9AQ15858 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC33.7■■■□□ 2.99
SCN9AQ15858 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC33.69■■■□□ 2.98
SCN9AQ15858 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC33.69■■■□□ 2.98
SCN9AQ15858 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
SCN9AQ15858 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
SCN9AQ15858 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC33.66■■■□□ 2.98
SCN9AQ15858 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC33.64■■■□□ 2.98
SCN9AQ15858 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
SCN9AQ15858 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC33.6■■■□□ 2.97
SCN9AQ15858 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
SCN9AQ15858 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.58■■■□□ 2.97
SCN9AQ15858 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.58■■■□□ 2.97
SCN9AQ15858 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
SCN9AQ15858 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
SCN9AQ15858 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
SCN9AQ15858 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
SCN9AQ15858 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
SCN9AQ15858 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC33.51■■■□□ 2.96
SCN9AQ15858 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC33.51■■■□□ 2.96
SCN9AQ15858 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC33.51■■■□□ 2.95
SCN9AQ15858 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC33.47■■■□□ 2.95
SCN9AQ15858 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC33.47■■■□□ 2.95
SCN9AQ15858 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
SCN9AQ15858 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.44■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
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