Protein–RNA interactions for Protein: Q08174

PCDH1, Protocadherin-1, humanhuman

Predictions only

Length 1,060 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH1Q08174 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
PCDH1Q08174 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
PCDH1Q08174 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
PCDH1Q08174 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCDH1Q08174 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCDH1Q08174 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC26.83■■□□□ 1.89
PCDH1Q08174 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
PCDH1Q08174 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
PCDH1Q08174 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
PCDH1Q08174 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
PCDH1Q08174 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
PCDH1Q08174 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
PCDH1Q08174 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
PCDH1Q08174 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PCDH1Q08174 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PCDH1Q08174 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
PCDH1Q08174 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
PCDH1Q08174 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
PCDH1Q08174 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
PCDH1Q08174 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
PCDH1Q08174 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
PCDH1Q08174 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
PCDH1Q08174 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
PCDH1Q08174 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
PCDH1Q08174 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.68■■□□□ 1.86
PCDH1Q08174 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
PCDH1Q08174 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
PCDH1Q08174 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC26.6■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
PCDH1Q08174 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
PCDH1Q08174 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
PCDH1Q08174 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
PCDH1Q08174 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
PCDH1Q08174 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
PCDH1Q08174 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
PCDH1Q08174 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
PCDH1Q08174 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.53■■□□□ 1.84
PCDH1Q08174 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
PCDH1Q08174 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
PCDH1Q08174 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
PCDH1Q08174 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
PCDH1Q08174 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
PCDH1Q08174 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
PCDH1Q08174 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
PCDH1Q08174 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
PCDH1Q08174 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
PCDH1Q08174 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
PCDH1Q08174 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
PCDH1Q08174 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
PCDH1Q08174 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
PCDH1Q08174 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
PCDH1Q08174 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
PCDH1Q08174 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
PCDH1Q08174 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
PCDH1Q08174 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
PCDH1Q08174 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
PCDH1Q08174 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
PCDH1Q08174 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
PCDH1Q08174 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
PCDH1Q08174 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
PCDH1Q08174 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
PCDH1Q08174 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
PCDH1Q08174 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
PCDH1Q08174 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
PCDH1Q08174 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
PCDH1Q08174 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
PCDH1Q08174 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
PCDH1Q08174 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
PCDH1Q08174 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
PCDH1Q08174 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
PCDH1Q08174 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
PCDH1Q08174 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
PCDH1Q08174 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
PCDH1Q08174 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
PCDH1Q08174 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PCDH1Q08174 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PCDH1Q08174 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PCDH1Q08174 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PCDH1Q08174 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms