Protein–RNA interactions for Protein: A8TX70

COL6A5, Collagen alpha-5(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,615 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A5A8TX70 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A5A8TX70 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A5A8TX70 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A5A8TX70 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A5A8TX70 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A5A8TX70 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A5A8TX70 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A5A8TX70 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A5A8TX70 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A5A8TX70 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A5A8TX70 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A5A8TX70 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A5A8TX70 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A5A8TX70 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A5A8TX70 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A5A8TX70 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A5A8TX70 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A5A8TX70 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A5A8TX70 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A5A8TX70 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A5A8TX70 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A5A8TX70 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A5A8TX70 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A5A8TX70 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A5A8TX70 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A5A8TX70 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A5A8TX70 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A5A8TX70 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A5A8TX70 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A5A8TX70 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A5A8TX70 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A5A8TX70 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A5A8TX70 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A5A8TX70 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL6A5A8TX70 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A5A8TX70 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A5A8TX70 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A5A8TX70 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A5A8TX70 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A5A8TX70 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A5A8TX70 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A5A8TX70 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A5A8TX70 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A5A8TX70 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A5A8TX70 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A5A8TX70 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A5A8TX70 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A5A8TX70 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A5A8TX70 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A5A8TX70 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A5A8TX70 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A5A8TX70 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A5A8TX70 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.19
COL6A5A8TX70 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A5A8TX70 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A5A8TX70 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A5A8TX70 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A5A8TX70 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A5A8TX70 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A5A8TX70 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A5A8TX70 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A5A8TX70 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A5A8TX70 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A5A8TX70 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A5A8TX70 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A5A8TX70 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A5A8TX70 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL6A5A8TX70 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL6A5A8TX70 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A5A8TX70 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A5A8TX70 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A5A8TX70 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A5A8TX70 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A5A8TX70 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
COL6A5A8TX70 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
COL6A5A8TX70 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A5A8TX70 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A5A8TX70 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A5A8TX70 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A5A8TX70 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A5A8TX70 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A5A8TX70 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A5A8TX70 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A5A8TX70 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A5A8TX70 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A5A8TX70 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A5A8TX70 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A5A8TX70 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A5A8TX70 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A5A8TX70 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A5A8TX70 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A5A8TX70 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A5A8TX70 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A5A8TX70 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A5A8TX70 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A5A8TX70 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL6A5A8TX70 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL6A5A8TX70 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 142.8 ms