Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 CCT5-201ENST00000280326 3675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.56□□□□□ -1.23e-6■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.611e-7■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 SMARCC1-202ENST00000425518 3827 ntTSL 27.38□□□□□ -1.231e-7■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 SLC38A2-208ENST00000549258 4384 ntTSL 23.52□□□□□ -1.852e-7■□□□□ 9
CPSF6Q16630 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.243e-9■□□□□ 9
CPSF6Q16630 TCOF1-201ENST00000323668 4832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.063e-9■□□□□ 9
CPSF6Q16630 TCOF1-202ENST00000377797 5095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.093e-9■□□□□ 9
CPSF6Q16630 TCOF1-207ENST00000504761 4467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.153e-9■□□□□ 9
CPSF6Q16630 TCOF1-215ENST00000515516 661 ntTSL 512.7□□□□□ -0.383e-9■□□□□ 9
CPSF6Q16630 TCOF1-205ENST00000439160 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.433e-9■□□□□ 9
CPSF6Q16630 TCOF1-211ENST00000513346 4646 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.07□□□□□ -0.643e-9■□□□□ 9
CPSF6Q16630 TCOF1-204ENST00000427724 4272 ntAPPRIS ALT2 TSL 510.5□□□□□ -0.733e-9■□□□□ 9
CPSF6Q16630 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.051e-6■□□□□ 8.9
CPSF6Q16630 DNAJA1-203ENST00000495015 604 ntTSL 37.33□□□□□ -1.241e-6■□□□□ 8.9
CPSF6Q16630 LUC7L3-219ENST00000511974 507 ntTSL 37.31□□□□□ -1.244e-7■□□□□ 8.9
CPSF6Q16630 LUC7L3-222ENST00000513969 419 ntTSL 33.37□□□□□ -1.874e-7■□□□□ 8.9
CPSF6Q16630 EIF3A-201ENST00000369144 6646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.372e-9■□□□□ 8.9
CPSF6Q16630 EIF3A-203ENST00000541549 4495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.1□□□□□ -0.472e-9■□□□□ 8.9
CPSF6Q16630 ZFAS1-207ENST00000458653 596 ntTSL 226.66■■□□□ 1.862e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 ZFAS1-202ENST00000371743 1008 ntTSL 1 (best)23.43■■□□□ 1.342e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 ZFAS1-203ENST00000417721 860 ntTSL 1 (best)22.05■■□□□ 1.122e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 ZFAS1-205ENST00000441722 946 ntTSL 1 (best)20.5■□□□□ 0.872e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.872e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 WDR43-202ENST00000407426 3533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.472e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 ZFAS1-209ENST00000620594 508 ntTSL 37.22□□□□□ -1.252e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 ZFAS1-204ENST00000428008 566 ntTSL 27□□□□□ -1.292e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 ZFAS1-201ENST00000326677 504 ntTSL 1 (best)6.44□□□□□ -1.382e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TPM3-216ENST00000473036 746 ntTSL 212.38□□□□□ -0.438e-8■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TPM3-209ENST00000368527 569 ntTSL 49.94□□□□□ -0.828e-8■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TPM3-218ENST00000505010 540 ntTSL 29.02□□□□□ -0.978e-8■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TMEM167A-204ENST00000509770 492 ntTSL 414.17□□□□□ -0.148e-6■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TMEM167A-203ENST00000504622 596 ntTSL 212.02□□□□□ -0.498e-6■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TMEM167A-201ENST00000502346 4630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.88□□□□□ -0.998e-6■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 HEMGN-201ENST00000259456 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.01□□□□□ -1.298e-6■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TMEM167A-205ENST00000511118 719 ntTSL 26.3□□□□□ -1.48e-6■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TMEM167A-202ENST00000503892 562 ntTSL 45.21□□□□□ -1.588e-6■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 HEMGN-202ENST00000616898 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.19□□□□□ -1.588e-6■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TMEM167A-206ENST00000511450 3353 ntTSL 54.63□□□□□ -1.678e-6■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 SLC38A2-201ENST00000256689 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.16□□□□□ -0.942e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NCOR1-206ENST00000411510 1883 ntTSL 1 (best)21.85■■□□□ 1.097e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NCOR1-211ENST00000460276 1848 ntTSL 221.69■■□□□ 1.067e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NCOR1-221ENST00000582357 1877 ntTSL 1 (best)19.56■□□□□ 0.727e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 CRKL-202ENST00000411769 2037 ntTSL 1 (best)18.45■□□□□ 0.541e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NCOR1-209ENST00000436828 1969 ntTSL 1 (best)17.95■□□□□ 0.467e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.461e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.461e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.037e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 IVNS1ABP-204ENST00000459929 3657 ntTSL 512.7□□□□□ -0.381e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NPM1-204ENST00000517671 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.31□□□□□ -0.927e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 EIF5-219ENST00000561380 926 ntTSL 58.23□□□□□ -1.097e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NPM1-202ENST00000351986 1237 ntTSL 1 (best) BASIC8.1□□□□□ -1.117e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NPM1-208ENST00000521672 597 ntTSL 57.82□□□□□ -1.167e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NPM1-205ENST00000518587 670 ntTSL 27.09□□□□□ -1.277e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 GIGYF2-231ENST00000474312 4687 ntTSL 26.96□□□□□ -1.31e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NPM1-211ENST00000523622 247 ntTSL 36.02□□□□□ -1.457e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NPM1-203ENST00000393820 1598 ntTSL 1 (best) BASIC5.96□□□□□ -1.467e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NPM1-210ENST00000523339 268 ntTSL 24.05□□□□□ -1.767e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 ARGLU1-204ENST00000472226 1336 ntTSL 29.48□□□□□ -0.892e-6■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.327e-8■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 MRPS5-206ENST00000475895 1672 ntTSL 215.43■□□□□ 0.067e-8■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 MRPS5-202ENST00000345084 1359 ntTSL 211.25□□□□□ -0.617e-8■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 GMNN-203ENST00000378054 653 ntTSL 316.7■□□□□ 0.262e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.032e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 GMNN-207ENST00000620958 1039 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.58□□□□□ -0.562e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 GMNN-202ENST00000356509 1133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.32□□□□□ -0.62e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.548e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.478e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.278e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 RANGAP1-201ENST00000356244 3060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.17□□□□□ -0.464e-9■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 RANGAP1-202ENST00000405486 3469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.594e-9■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 RANGAP1-207ENST00000455915 4222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.28□□□□□ -0.764e-9■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-217ENST00000534699 2667 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.6□□□□□ -0.873e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-212ENST00000529046 571 ntTSL 47.91□□□□□ -1.143e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-214ENST00000530886 3459 ntTSL 5 BASIC7.54□□□□□ -1.23e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-218ENST00000610726 4312 ntTSL 5 BASIC7.3□□□□□ -1.243e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-201ENST00000261443 3228 ntTSL 1 (best) BASIC6.93□□□□□ -1.33e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-205ENST00000438362 4167 ntTSL 1 (best) BASIC6.65□□□□□ -1.343e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-203ENST00000358528 4076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.51□□□□□ -1.373e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-204ENST00000369530 3774 ntTSL 1 (best) BASIC6.34□□□□□ -1.393e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-202ENST00000339438 4006 ntTSL 1 (best) BASIC5.14□□□□□ -1.593e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-209ENST00000525132 521 ntTSL 54.28□□□□□ -1.723e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-216ENST00000534389 601 ntTSL 43.89□□□□□ -1.793e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 PIEZO1-203ENST00000419505 1635 ntTSL 1 (best)19.11■□□□□ 0.654e-10■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 PIEZO1-208ENST00000484567 2464 ntTSL 217.41■□□□□ 0.384e-10■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.374e-10■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.244e-10■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 PIEZO1-211ENST00000495568 901 ntTSL 210.88□□□□□ -0.674e-10■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 SRSF2-210ENST00000589919 595 ntTSL 26.69□□□□□ -1.342e-12■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 YBX1-203ENST00000436427 1524 ntTSL 1 (best)20.58■□□□□ 0.898e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.848e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 YBX1-202ENST00000332220 776 ntTSL 519.88■□□□□ 0.778e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 YBX1-204ENST00000467957 770 ntTSL 217.52■□□□□ 0.48e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.051e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.081e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 HNRNPR-203ENST00000374616 2691 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.551e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 HNRNPR-202ENST00000374612 2694 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.6□□□□□ -0.551e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 HNRNPR-201ENST00000302271 2629 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.611e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 HNRNPR-205ENST00000463552 837 ntTSL 48.05□□□□□ -1.121e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 HNRNPR-208ENST00000476451 814 ntTSL 48.05□□□□□ -1.121e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 HNRNPR-210ENST00000478691 7646 ntTSL 1 (best) BASIC7.67□□□□□ -1.181e-7■□□□□ 8.5
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