Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC40.98■■■■■ 4.15
NPHP3Q7Z494 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC40.95■■■■■ 4.15
NPHP3Q7Z494 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC40.95■■■■■ 4.15
NPHP3Q7Z494 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.94■■■■■ 4.15
NPHP3Q7Z494 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC40.85■■■■■ 4.13
NPHP3Q7Z494 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC40.84■■■■■ 4.13
NPHP3Q7Z494 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC40.79■■■■■ 4.12
NPHP3Q7Z494 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC40.79■■■■■ 4.12
NPHP3Q7Z494 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC40.77■■■■■ 4.12
NPHP3Q7Z494 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC40.76■■■■■ 4.12
NPHP3Q7Z494 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.76■■■■■ 4.12
NPHP3Q7Z494 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.73■■■■■ 4.11
NPHP3Q7Z494 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.71■■■■■ 4.11
NPHP3Q7Z494 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.71■■■■■ 4.11
NPHP3Q7Z494 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.65■■■■■ 4.1
NPHP3Q7Z494 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.62■■■■■ 4.09
NPHP3Q7Z494 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC40.57■■■■■ 4.08
NPHP3Q7Z494 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.56■■■■■ 4.08
NPHP3Q7Z494 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC40.56■■■■■ 4.08
NPHP3Q7Z494 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC40.48■■■■■ 4.07
NPHP3Q7Z494 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC40.48■■■■■ 4.07
NPHP3Q7Z494 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC40.44■■■■■ 4.06
NPHP3Q7Z494 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC40.44■■■■■ 4.06
NPHP3Q7Z494 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC40.42■■■■■ 4.06
NPHP3Q7Z494 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.35■■■■■ 4.05
NPHP3Q7Z494 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.34■■■■■ 4.05
NPHP3Q7Z494 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC40.32■■■■■ 4.04
NPHP3Q7Z494 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC40.32■■■■■ 4.04
NPHP3Q7Z494 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC40.31■■■■■ 4.04
NPHP3Q7Z494 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC40.31■■■■■ 4.04
NPHP3Q7Z494 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC40.29■■■■■ 4.04
NPHP3Q7Z494 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.26■■■■■ 4.04
NPHP3Q7Z494 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.26■■■■■ 4.04
NPHP3Q7Z494 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC40.23■■■■■ 4.03
NPHP3Q7Z494 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC40.21■■■■■ 4.03
NPHP3Q7Z494 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.2■■■■■ 4.03
NPHP3Q7Z494 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC40.19■■■■■ 4.02
NPHP3Q7Z494 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC40.16■■■■■ 4.02
NPHP3Q7Z494 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.14■■■■■ 4.02
NPHP3Q7Z494 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC40.13■■■■■ 4.01
NPHP3Q7Z494 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC40.12■■■■■ 4.01
NPHP3Q7Z494 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.09■■■■■ 4.01
NPHP3Q7Z494 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC40.08■■■■■ 4.01
NPHP3Q7Z494 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.07■■■■■ 4.01
NPHP3Q7Z494 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC40.03■■■■■ 4
NPHP3Q7Z494 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC40.03■■■■■ 4
NPHP3Q7Z494 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC40.03■■■■■ 4
NPHP3Q7Z494 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.01■■■■■ 4
NPHP3Q7Z494 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.01■■■■■ 4
NPHP3Q7Z494 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40■■■■□ 3.99
NPHP3Q7Z494 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC39.97■■■■□ 3.99
NPHP3Q7Z494 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC39.95■■■■□ 3.99
NPHP3Q7Z494 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC39.91■■■■□ 3.98
NPHP3Q7Z494 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC39.91■■■■□ 3.98
NPHP3Q7Z494 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.9■■■■□ 3.98
NPHP3Q7Z494 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC39.9■■■■□ 3.98
NPHP3Q7Z494 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.87■■■■□ 3.97
NPHP3Q7Z494 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC39.85■■■■□ 3.97
NPHP3Q7Z494 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC39.85■■■■□ 3.97
NPHP3Q7Z494 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.83■■■■□ 3.97
NPHP3Q7Z494 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.71■■■■□ 3.95
NPHP3Q7Z494 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC39.68■■■■□ 3.94
NPHP3Q7Z494 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.68■■■■□ 3.94
NPHP3Q7Z494 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC39.63■■■■□ 3.93
NPHP3Q7Z494 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC39.63■■■■□ 3.93
NPHP3Q7Z494 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.61■■■■□ 3.93
NPHP3Q7Z494 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC39.61■■■■□ 3.93
NPHP3Q7Z494 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC39.57■■■■□ 3.92
NPHP3Q7Z494 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC39.56■■■■□ 3.92
NPHP3Q7Z494 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC39.55■■■■□ 3.92
NPHP3Q7Z494 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.53■■■■□ 3.92
NPHP3Q7Z494 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC39.53■■■■□ 3.92
NPHP3Q7Z494 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC39.52■■■■□ 3.92
NPHP3Q7Z494 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC39.46■■■■□ 3.91
NPHP3Q7Z494 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.46■■■■□ 3.91
NPHP3Q7Z494 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.44■■■■□ 3.9
NPHP3Q7Z494 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.44■■■■□ 3.9
NPHP3Q7Z494 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.44■■■■□ 3.9
NPHP3Q7Z494 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.44■■■■□ 3.9
NPHP3Q7Z494 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.43■■■■□ 3.9
NPHP3Q7Z494 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC39.43■■■■□ 3.9
NPHP3Q7Z494 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.42■■■■□ 3.9
NPHP3Q7Z494 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC39.4■■■■□ 3.9
NPHP3Q7Z494 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC39.39■■■■□ 3.9
NPHP3Q7Z494 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC39.38■■■■□ 3.89
NPHP3Q7Z494 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.38■■■■□ 3.89
NPHP3Q7Z494 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.38■■■■□ 3.89
NPHP3Q7Z494 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC39.38■■■■□ 3.89
NPHP3Q7Z494 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC39.37■■■■□ 3.89
NPHP3Q7Z494 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.37■■■■□ 3.89
NPHP3Q7Z494 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.35■■■■□ 3.89
NPHP3Q7Z494 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC39.32■■■■□ 3.88
NPHP3Q7Z494 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.3■■■■□ 3.88
NPHP3Q7Z494 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC39.28■■■■□ 3.88
NPHP3Q7Z494 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC39.28■■■■□ 3.88
NPHP3Q7Z494 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC39.27■■■■□ 3.88
NPHP3Q7Z494 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC39.27■■■■□ 3.88
NPHP3Q7Z494 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC39.24■■■■□ 3.87
NPHP3Q7Z494 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC39.22■■■■□ 3.87
NPHP3Q7Z494 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC39.18■■■■□ 3.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms