Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 RCC1-204ENST00000398958 2715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.657e-16■■■■■ 39.3
CPSF6Q16630 RCC1-203ENST00000373833 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.07□□□□□ -0.87e-16■■■■■ 39.3
CPSF6Q16630 SNHG3-201ENST00000413987 2201 ntTSL 1 (best)8.51□□□□□ -1.057e-16■■■■■ 39.3
CPSF6Q16630 FAM126B-205ENST00000453765 536 ntTSL 415.15■□□□□ 0.021e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 FAM126B-203ENST00000446678 522 ntTSL 313.18□□□□□ -0.31e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 KCNJ15-217ENST00000549805 740 ntTSL 311.08□□□□□ -0.641e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 FAM126B-201ENST00000286181 4778 ntTSL 1 (best)10.78□□□□□ -0.681e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 FAM126B-207ENST00000485144 538 ntTSL 39.54□□□□□ -0.881e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 KCNJ15-214ENST00000547595 313 ntTSL 29.45□□□□□ -0.91e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 KCNJ15-219ENST00000551422 413 ntTSL 29.45□□□□□ -0.91e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 KCNJ15-213ENST00000547341 595 ntTSL 39.37□□□□□ -0.911e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 KCNJ15-216ENST00000549158 626 ntTSL 39.37□□□□□ -0.911e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 KCNJ15-218ENST00000549932 555 ntTSL 29.18□□□□□ -0.941e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 KCNJ15-215ENST00000548700 304 ntTSL 38.85□□□□□ -0.991e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 FAM126B-211ENST00000498780 2209 ntTSL 28.25□□□□□ -1.091e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 DSCR8-205ENST00000472602 766 ntTSL 36.88□□□□□ -1.311e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 FAM126B-204ENST00000452799 692 ntTSL 36.31□□□□□ -1.41e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 FAM126B-202ENST00000418596 9333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.91□□□□□ -1.781e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 RTF1-201ENST00000389629 5021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.152e-10■■■■■ 38.7
CPSF6Q16630 RPS6KC1-207ENST00000543470 4227 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.095e-10■■■■■ 37.5
CPSF6Q16630 RPS6KC1-201ENST00000366959 5454 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.41□□□□□ -0.15e-10■■■■■ 37.5
CPSF6Q16630 RPS6KC1-202ENST00000366960 5490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.41□□□□□ -0.15e-10■■■■■ 37.5
CPSF6Q16630 RPS6KC1-208ENST00000614059 4188 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.165e-10■■■■■ 37.5
CPSF6Q16630 RPS6KC1-206ENST00000543354 4082 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.185e-10■■■■■ 37.5
CPSF6Q16630 RPS6KC1-209ENST00000615329 4022 ntTSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.375e-10■■■■■ 37.5
CPSF6Q16630 AL589666.1-201ENST00000503906 835 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.545e-10■■■■■ 37.5
CPSF6Q16630 RPS6KC1-204ENST00000490299 5154 ntTSL 1 (best)3.63□□□□□ -1.835e-10■■■■■ 37.5
CPSF6Q16630 SPTLC2-201ENST00000216484 8170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.077e-7■■■■■ 37.2
CPSF6Q16630 SPTLC2-205ENST00000556607 460 ntTSL 39.83□□□□□ -0.847e-7■■■■■ 37.2
CPSF6Q16630 PCF11-201ENST00000298281 7677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.54e-10■■■■■ 36.9
CPSF6Q16630 JUN-201ENST00000371222 3540 ntAPPRIS P1 BASIC13.68□□□□□ -0.222e-13■■■■■ 36.4
CPSF6Q16630 PICALM-215ENST00000531558 565 ntTSL 524.35■■□□□ 1.495e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.325e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.255e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-218ENST00000532041 699 ntTSL 321.4■■□□□ 1.025e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.265e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.155e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-210ENST00000528411 586 ntTSL 514.04□□□□□ -0.165e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-203ENST00000525162 548 ntTSL 49.29□□□□□ -0.925e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-217ENST00000531930 703 ntTSL 59.19□□□□□ -0.945e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-208ENST00000528256 563 ntTSL 48.72□□□□□ -1.015e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-223ENST00000534412 811 ntTSL 58.37□□□□□ -1.075e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-201ENST00000356360 1958 ntTSL 5 BASIC7.53□□□□□ -1.25e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-209ENST00000528398 2049 ntTSL 2 BASIC5.26□□□□□ -1.575e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 GCN1-207ENST00000550471 918 ntTSL 318.51■□□□□ 0.555e-18■■■■■ 35.6
CPSF6Q16630 GCN1-201ENST00000300648 8675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.625e-18■■■■■ 35.6
CPSF6Q16630 CAMTA1-209ENST00000476163 863 ntTSL 217.96■□□□□ 0.473e-9■■■■■ 35
CPSF6Q16630 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.13e-9■■■■■ 35
CPSF6Q16630 CAMTA1-211ENST00000482934 743 ntTSL 312.16□□□□□ -0.463e-9■■■■■ 35
CPSF6Q16630 CAMTA1-206ENST00000470648 766 ntTSL 38.89□□□□□ -0.993e-9■■■■■ 35
CPSF6Q16630 CAMTA1-203ENST00000461580 826 ntTSL 37.32□□□□□ -1.243e-9■■■■■ 35
CPSF6Q16630 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.082e-9■■■■■ 35
CPSF6Q16630 CPSF1-205ENST00000531042 580 ntTSL 514.57□□□□□ -0.082e-9■■■■■ 35
CPSF6Q16630 CPSF1-212ENST00000616140 4494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.1□□□□□ -0.152e-9■■■■■ 35
CPSF6Q16630 GPAT4-201ENST00000396987 6298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.162e-22■■■■■ 34.8
CPSF6Q16630 PPHLN1-222ENST00000552794 579 ntTSL 418.49■□□□□ 0.559e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.439e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.129e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.039e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.049e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-206ENST00000395580 1693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.229e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-219ENST00000552202 1290 ntTSL 1 (best)13.09□□□□□ -0.319e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-223ENST00000610488 1521 ntTSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.339e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-218ENST00000551723 415 ntTSL 512.22□□□□□ -0.459e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-220ENST00000552429 560 ntTSL 212.09□□□□□ -0.479e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-216ENST00000551406 648 ntTSL 211.81□□□□□ -0.529e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-205ENST00000395568 2170 ntTSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.599e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-224ENST00000613154 1863 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC9.93□□□□□ -0.829e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-203ENST00000337898 1465 ntTSL 2 BASIC9.44□□□□□ -0.99e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-202ENST00000317560 1359 ntTSL 2 BASIC8.1□□□□□ -1.119e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-208ENST00000449194 1583 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC6.81□□□□□ -1.329e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-225ENST00000619544 1449 ntTSL 5 BASIC6.69□□□□□ -1.349e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-207ENST00000432191 3377 ntTSL 1 (best) BASIC6.58□□□□□ -1.369e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-209ENST00000546750 588 ntTSL 44.69□□□□□ -1.669e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-212ENST00000547847 576 ntTSL 33.17□□□□□ -1.99e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 HSP90AB2P-202ENST00000602906 1277 ntTSL 1 (best) BASIC8.63□□□□□ -1.035e-13■■■■■ 34.3
CPSF6Q16630 HSP90AB2P-201ENST00000507090 2176 ntBASIC7.66□□□□□ -1.185e-13■■■■■ 34.3
CPSF6Q16630 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.25e-9■■■■■ 33.7
CPSF6Q16630 ID2-203ENST00000396290 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.215e-9■■■■■ 33.7
CPSF6Q16630 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.033e-10■■■■■ 33.4
CPSF6Q16630 GIGYF2-216ENST00000428883 544 ntTSL 413.42□□□□□ -0.263e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 GIGYF2-225ENST00000463554 1085 ntTSL 512.38□□□□□ -0.433e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 GIGYF2-209ENST00000423659 2329 ntTSL 511.38□□□□□ -0.593e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 GIGYF2-218ENST00000430720 561 ntTSL 49.86□□□□□ -0.833e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 GIGYF2-212ENST00000425040 588 ntTSL 49.84□□□□□ -0.833e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 GIGYF2-217ENST00000429187 606 ntTSL 39.32□□□□□ -0.923e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 GIGYF2-223ENST00000456491 466 ntTSL 49.32□□□□□ -0.923e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 GIGYF2-210ENST00000424038 626 ntTSL 39.32□□□□□ -0.923e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 GIGYF2-207ENST00000421433 564 ntTSL 57.15□□□□□ -1.263e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.184e-8■■■■■ 33
CPSF6Q16630 PLD1-208ENST00000463281 694 ntTSL 48.82□□□□□ -16e-25■■■■■ 32.7
CPSF6Q16630 PLD1-202ENST00000351298 5604 ntTSL 1 (best) BASIC6.1□□□□□ -1.436e-25■■■■■ 32.7
CPSF6Q16630 PLD1-203ENST00000356327 5855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.94□□□□□ -1.626e-25■■■■■ 32.7
CPSF6Q16630 AL034397.3-202ENST00000621933 1815 ntTSL 1 (best) BASIC7.72□□□□□ -1.173e-33■■■■■ 32.7
CPSF6Q16630 AL034397.3-201ENST00000618234 1690 ntTSL 1 (best)6.6□□□□□ -1.353e-33■■■■■ 32.7
CPSF6Q16630 LINC01004-202ENST00000450686 538 ntTSL 3 BASIC9.29□□□□□ -0.921e-7■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 LINC01004-201ENST00000445184 686 ntTSL 5 BASIC7.5□□□□□ -1.211e-7■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.761e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.731e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.651e-8■■■■■ 32.5
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