Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 NEU1-209ENST00000495807 4616 ntTSL 212.93□□□□□ -0.347e-19■■■■■ 41.8
UPF1Q92900 CRCP-203ENST00000395326 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.184e-13■■■■■ 41.8
UPF1Q92900 CRCP-202ENST00000360415 3139 ntTSL 1 (best)13.46□□□□□ -0.254e-13■■■■■ 41.8
UPF1Q92900 RETREG3-208ENST00000589797 4149 ntTSL 215□□□□□ -0.011e-8■■■■■ 41.7
UPF1Q92900 RETREG3-201ENST00000309428 3759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.63□□□□□ -0.391e-8■■■■■ 41.7
UPF1Q92900 DIAPH1-206ENST00000468119 619 ntTSL 416.33■□□□□ 0.25e-8■■■■■ 41.7
UPF1Q92900 CHD4-203ENST00000535717 660 ntTSL 216.11■□□□□ 0.176e-12■■■■■ 41.7
UPF1Q92900 TMEM192-201ENST00000306480 10012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.83□□□□□ -1.162e-7■■■■■ 41.7
UPF1Q92900 MDH2-203ENST00000432020 1548 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.188e-9■■■■■ 41.7
UPF1Q92900 C6orf106-201ENST00000374021 916 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC12.89□□□□□ -0.352e-10■■■■■ 41.7
UPF1Q92900 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.946e-11■■■■■ 41.7
UPF1Q92900 ZNF707-212ENST00000527561 1252 ntTSL 222.58■■□□□ 1.216e-11■■■■■ 41.7
UPF1Q92900 HCFC1-201ENST00000310441 8869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.019e-10■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 HCFC1-202ENST00000369984 8375 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.17□□□□□ -0.469e-10■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 HCFC1-203ENST00000444191 3624 ntTSL 511.3□□□□□ -0.69e-10■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.192e-14■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.142e-14■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.092e-14■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.862e-11■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 ELOVL1-206ENST00000470769 1215 ntTSL 224.46■■□□□ 1.514e-22■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.352e-11■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.282e-11■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.232e-11■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.22e-14■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 GPD1-205ENST00000548814 1591 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.742e-11■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 AC004832.3-201ENST00000454552 872 ntTSL 215.15■□□□□ 0.022e-14■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 AC004832.3-203ENST00000439023 694 ntTSL 515.15■□□□□ 0.022e-14■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 AC099811.2-201ENST00000585562 646 ntTSL 313.32□□□□□ -0.282e-11■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 TMPRSS12-202ENST00000551456 3336 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.312e-11■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 GPD1-201ENST00000301149 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.352e-11■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 AC099811.2-202ENST00000592248 694 ntTSL 312.61□□□□□ -0.392e-11■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 GLB1L2-201ENST00000339772 3152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.164e-7■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 GLB1L2-202ENST00000529077 5621 ntTSL 1 (best)14.57□□□□□ -0.084e-7■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 GLB1L2-205ENST00000535456 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.084e-7■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 RNF4-210ENST00000508235 603 ntTSL 320.25■□□□□ 0.832e-6■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 RNF4-201ENST00000314289 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.242e-6■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 RNF4-222ENST00000541204 2796 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.32e-6■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 RNF4-214ENST00000511600 4123 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.7□□□□□ -1.182e-6■■■■■ 41.6
UPF1Q92900 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.142e-9■■■■■ 41.5
UPF1Q92900 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.666e-7■■■■■ 41.5
UPF1Q92900 ATP6V0E2-207ENST00000479613 1666 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.881e-7■■■■■ 41.5
UPF1Q92900 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.881e-7■■■■■ 41.5
UPF1Q92900 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.71e-7■■■■■ 41.5
UPF1Q92900 ATP6V0E2-206ENST00000471877 1766 ntTSL 218.76■□□□□ 0.591e-7■■■■■ 41.5
UPF1Q92900 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.471e-7■■■■■ 41.5
UPF1Q92900 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.471e-7■■■■■ 41.5
UPF1Q92900 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.321e-7■■■■■ 41.5
UPF1Q92900 CTDSP2-205ENST00000549039 797 ntTSL 218.08■□□□□ 0.485e-24■■■■■ 41.4
UPF1Q92900 RFNG-207ENST00000580953 2082 ntTSL 522.29■■□□□ 1.165e-9■■■■■ 41.4
UPF1Q92900 RFNG-205ENST00000580793 1755 ntTSL 1 (best)21.99■■□□□ 1.115e-9■■■■■ 41.4
UPF1Q92900 RFNG-209ENST00000583784 2886 nt15.26■□□□□ 0.035e-9■■■■■ 41.4
UPF1Q92900 GNL3L-201ENST00000336470 2357 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.83□□□□□ -0.683e-9■■■■■ 41.4
UPF1Q92900 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.235e-15■■■■■ 41.3
UPF1Q92900 CREG1-202ENST00000466652 794 ntTSL 310.66□□□□□ -0.75e-15■■■■■ 41.3
UPF1Q92900 CHMP1A-206ENST00000549139 812 ntTSL 223.97■■□□□ 1.439e-16■■■■■ 41.3
UPF1Q92900 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.377e-9■■■■■ 41.2
UPF1Q92900 FBXW11-201ENST00000265094 4342 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.217e-9■■■■■ 41.2
UPF1Q92900 WWP2-201ENST00000356003 4227 ntTSL 2 BASIC12.67□□□□□ -0.382e-7■■■■■ 41.2
UPF1Q92900 WWP2-202ENST00000359154 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.61□□□□□ -0.392e-7■■■■■ 41.2
UPF1Q92900 WWP2-213ENST00000568684 3672 ntTSL 2 BASIC10.81□□□□□ -0.682e-7■■■■■ 41.2
UPF1Q92900 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.99e-8■■■■■ 41.2
UPF1Q92900 DBN1-206ENST00000472831 2667 ntTSL 216.91■□□□□ 0.39e-8■■■■■ 41.2
UPF1Q92900 DBN1-203ENST00000393565 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.289e-8■■■■■ 41.2
UPF1Q92900 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.086e-7■■■■■ 41.2
UPF1Q92900 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.076e-7■■■■■ 41.2
UPF1Q92900 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.976e-7■■■■■ 41.2
UPF1Q92900 CSNK1D-208ENST00000578501 1124 ntTSL 220.14■□□□□ 0.819e-10■■■■■ 41.2
UPF1Q92900 CSNK1D-220ENST00000581737 631 ntTSL 219.69■□□□□ 0.749e-10■■■■■ 41.2
UPF1Q92900 CSNK1D-222ENST00000584377 2891 ntTSL 213.49□□□□□ -0.259e-10■■■■■ 41.2
UPF1Q92900 UQCC1-213ENST00000453855 1035 ntTSL 420.48■□□□□ 0.873e-9■■■■■ 41.1
UPF1Q92900 UQCC1-209ENST00000397556 1284 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.213e-9■■■■■ 41.1
UPF1Q92900 UQCC1-221ENST00000496812 801 ntTSL 315.13■□□□□ 0.013e-9■■■■■ 41.1
UPF1Q92900 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.31e-11■■■■■ 41.1
UPF1Q92900 SMPD4-219ENST00000491128 2570 ntTSL 1 (best)16.51■□□□□ 0.231e-11■■■■■ 41.1
UPF1Q92900 SMPD4-205ENST00000431183 3614 ntTSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.321e-11■■■■■ 41.1
UPF1Q92900 SMPD4-213ENST00000454468 3586 ntTSL 1 (best)12.34□□□□□ -0.431e-11■■■■■ 41.1
UPF1Q92900 SMPD4-218ENST00000482171 4298 ntTSL 211.67□□□□□ -0.541e-11■■■■■ 41.1
UPF1Q92900 SMPD4-203ENST00000412570 3601 ntTSL 211.58□□□□□ -0.561e-11■■■■■ 41.1
UPF1Q92900 SMPD4-206ENST00000433118 3335 ntTSL 511.37□□□□□ -0.591e-11■■■■■ 41.1
UPF1Q92900 SMPD4-209ENST00000439886 3371 ntTSL 211.07□□□□□ -0.641e-11■■■■■ 41.1
UPF1Q92900 SMPD4-201ENST00000351288 3661 ntTSL 2 BASIC11□□□□□ -0.651e-11■■■■■ 41.1
UPF1Q92900 MAFK-202ENST00000403150 2773 ntTSL 226.23■■□□□ 1.795e-7■■■■■ 41.1
UPF1Q92900 SPAG9-209ENST00000510283 4949 ntTSL 2 BASIC7.46□□□□□ -1.229e-22■■■■■ 41
UPF1Q92900 PLIN3-205ENST00000589163 1699 ntTSL 318.24■□□□□ 0.517e-9■■■■■ 41
UPF1Q92900 PLIN3-207ENST00000592528 2154 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.097e-9■■■■■ 41
UPF1Q92900 PLIN3-201ENST00000221957 2333 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.187e-9■■■■■ 41
UPF1Q92900 PHF5A-202ENST00000459687 504 ntTSL 37.64□□□□□ -1.191e-15■■■■■ 41
UPF1Q92900 LTBR-209ENST00000541102 1084 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.821e-10■■■■■ 41
UPF1Q92900 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.721e-10■■■■■ 41
UPF1Q92900 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.682e-7■■■■■ 41
UPF1Q92900 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.122e-7■■■■■ 41
UPF1Q92900 MTHFR-212ENST00000641446 2820 nt13.45□□□□□ -0.267e-22■■■■■ 41
UPF1Q92900 HDGF-208ENST00000482651 966 ntTSL 312.44□□□□□ -0.422e-23■■■■■ 40.9
UPF1Q92900 CSRP1-216ENST00000532460 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.043e-7■■■■■ 40.9
UPF1Q92900 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.473e-19■■■■■ 40.9
UPF1Q92900 CTDSP2-202ENST00000547169 1340 ntTSL 221.09■□□□□ 0.973e-19■■■■■ 40.9
UPF1Q92900 AC093525.2-201ENST00000564543 1944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.625e-7■■■■■ 40.9
UPF1Q92900 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.712e-11■■■■■ 40.9
UPF1Q92900 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.182e-11■■■■■ 40.9
UPF1Q92900 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 12e-11■■■■■ 40.9
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