Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 FADS2-213ENST00000523235 5073 ntTSL 214.02□□□□□ -0.176e-12■■■■■ 255.4
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UPF1Q92900 FADS2-201ENST00000257261 2964 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.16e-12■■■■■ 251.3
UPF1Q92900 LASP1-204ENST00000435347 3492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.329e-33■■■■■ 216.6
UPF1Q92900 LASP1-201ENST00000318008 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.589e-33■■■■■ 216.6
UPF1Q92900 LASP1-203ENST00000433206 4023 ntTSL 2 BASIC10.9□□□□□ -0.679e-33■■■■■ 216.6
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UPF1Q92900 NDUFC2-201ENST00000281031 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.035e-10■■■■■ 173.1
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UPF1Q92900 NDUFC2-KCTD14-203ENST00000612612 530 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.135e-10■■■■■ 173.1
UPF1Q92900 NDUFC2-203ENST00000527806 1888 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.315e-10■■■■■ 173.1
UPF1Q92900 IGF2BP1-202ENST00000431824 1317 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.331e-323■■■■■ 164.2
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UPF1Q92900 ANGPTL8-203ENST00000591200 504 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.981e-58■■■■■ 160.2
UPF1Q92900 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.342e-20■■■■■ 152.4
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UPF1Q92900 METTL7A-201ENST00000332160 3390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.68□□□□□ -0.73e-63■■■■■ 149.7
UPF1Q92900 METTL7A-203ENST00000548553 4076 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.6□□□□□ -0.873e-63■■■■■ 149.7
UPF1Q92900 TMBIM1-215ENST00000445635 1251 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.073e-42■■■■■ 148
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UPF1Q92900 ZFAND3-204ENST00000440482 821 ntTSL 320.26■□□□□ 0.837e-35■■■■■ 146.2
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UPF1Q92900 APOL1-203ENST00000397279 1564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.234e-30■■■■■ 144.9
UPF1Q92900 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.858e-58■■■■■ 144.8
UPF1Q92900 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.698e-58■■■■■ 144.8
UPF1Q92900 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.368e-58■■■■■ 144.8
UPF1Q92900 SCD-201ENST00000370355 5362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.93□□□□□ -0.985e-83■■■■■ 143.6
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UPF1Q92900 ANGPTL8-202ENST00000587543 432 ntTSL 1 (best)17.15■□□□□ 0.341e-12■■■■■ 130.1
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UPF1Q92900 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.154e-35■■■■■ 124.7
UPF1Q92900 PPP5C-205ENST00000478046 1886 ntTSL 1 (best)19.09■□□□□ 0.654e-35■■■■■ 124.7
UPF1Q92900 PPP5C-207ENST00000487483 4675 ntTSL 515.44■□□□□ 0.064e-35■■■■■ 124.7
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UPF1Q92900 FAM168A-204ENST00000450446 1364 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.892e-11■■■■■ 119.1
UPF1Q92900 FAM168A-202ENST00000356467 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.692e-11■■■■■ 119.1
UPF1Q92900 LASP1-205ENST00000443937 1482 ntTSL 1 (best)22.08■■□□□ 1.121e-31■■■■■ 118.8
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UPF1Q92900 CTSB-222ENST00000531551 1855 ntTSL 1 (best)22.65■■□□□ 1.225e-29■■■■■ 114
UPF1Q92900 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.25e-29■■■■■ 114
UPF1Q92900 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.775e-29■■■■■ 114
UPF1Q92900 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.435e-29■■■■■ 114
UPF1Q92900 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.45e-29■■■■■ 114
UPF1Q92900 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.275e-29■■■■■ 114
UPF1Q92900 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.851e-39■■■■■ 113.4
UPF1Q92900 PTPA-213ENST00000419582 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.491e-39■■■■■ 113.4
UPF1Q92900 PTPA-217ENST00000434095 870 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.071e-39■■■■■ 113.4
UPF1Q92900 LBH-208ENST00000467242 1689 ntTSL 229.93■■■□□ 2.382e-17■■■■■ 112.5
UPF1Q92900 NCLN-203ENST00000587740 1210 ntTSL 1 (best)24.02■■□□□ 1.443e-12■■■■■ 112.2
UPF1Q92900 NCLN-206ENST00000591062 460 ntTSL 520.43■□□□□ 0.863e-12■■■■■ 112.2
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UPF1Q92900 NCLN-201ENST00000246117 4005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.243e-12■■■■■ 112.2
UPF1Q92900 ARF1-208ENST00000478336 930 ntTSL 232.87■■■□□ 2.853e-93■■■■■ 111.5
UPF1Q92900 ARF1-203ENST00000470558 820 ntTSL 221.35■■□□□ 1.013e-93■■■■■ 111.5
UPF1Q92900 GJB1-203ENST00000374029 1587 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.641e-44■■■■■ 110.8
UPF1Q92900 GJB1-201ENST00000361726 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.31e-44■■■■■ 110.8
UPF1Q92900 GJB1-202ENST00000374022 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.211e-44■■■■■ 110.8
UPF1Q92900 EFNA1-203ENST00000469878 1288 ntTSL 319.82■□□□□ 0.761e-35■■■■■ 108.6
UPF1Q92900 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.787e-36■■■■■ 108.3
UPF1Q92900 EFNA1-201ENST00000368406 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.337e-36■■■■■ 108.3
UPF1Q92900 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.328e-26■■■■■ 105.7
UPF1Q92900 SDHC-202ENST00000367975 13566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.02□□□□□ -1.618e-26■■■■■ 105.7
UPF1Q92900 NFE2L1-203ENST00000362042 4774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.25e-20■■■■■ 103.5
UPF1Q92900 NFE2L1-222ENST00000585291 4390 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.265e-20■■■■■ 103.5
UPF1Q92900 NFE2L1-202ENST00000361665 4729 ntTSL 5 BASIC13.22□□□□□ -0.295e-20■■■■■ 103.5
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