Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC29.51■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC29.5■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC29.48■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC29.47■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC29.47■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC29.38■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC29.38■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms