Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CHFRQ96EP1 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHFRQ96EP1 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHFRQ96EP1 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHFRQ96EP1 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHFRQ96EP1 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHFRQ96EP1 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.45■■□□□ 1.67
CHFRQ96EP1 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
CHFRQ96EP1 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.45■■□□□ 1.67
CHFRQ96EP1 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
CHFRQ96EP1 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
CHFRQ96EP1 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHFRQ96EP1 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHFRQ96EP1 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.4 ms