Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SHMT2P34897 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SHMT2P34897 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHMT2P34897 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHMT2P34897 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.6 ms