Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.58■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN2AQ99250 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.5 ms