Protein–RNA interactions for Protein: Q8IVD9

NUDCD3, NudC domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 361 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUDCD3Q8IVD9 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
NUDCD3Q8IVD9 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
NUDCD3Q8IVD9 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
NUDCD3Q8IVD9 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
NUDCD3Q8IVD9 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
NUDCD3Q8IVD9 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
NUDCD3Q8IVD9 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
NUDCD3Q8IVD9 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
NUDCD3Q8IVD9 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
NUDCD3Q8IVD9 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
NUDCD3Q8IVD9 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
NUDCD3Q8IVD9 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
NUDCD3Q8IVD9 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
NUDCD3Q8IVD9 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
NUDCD3Q8IVD9 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
NUDCD3Q8IVD9 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
NUDCD3Q8IVD9 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
NUDCD3Q8IVD9 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NUDCD3Q8IVD9 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
NUDCD3Q8IVD9 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
NUDCD3Q8IVD9 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
NUDCD3Q8IVD9 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
NUDCD3Q8IVD9 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NUDCD3Q8IVD9 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NUDCD3Q8IVD9 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NUDCD3Q8IVD9 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NUDCD3Q8IVD9 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NUDCD3Q8IVD9 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.4 ms