Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY09

COL28A1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,125 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL28A1Q2UY09 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL28A1Q2UY09 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL28A1Q2UY09 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL28A1Q2UY09 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL28A1Q2UY09 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.1 ms