Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP4Q13107 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP4Q13107 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP4Q13107 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP4Q13107 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP4Q13107 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP4Q13107 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
USP4Q13107 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
USP4Q13107 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP4Q13107 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP4Q13107 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
USP4Q13107 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP4Q13107 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP4Q13107 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP4Q13107 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP4Q13107 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP4Q13107 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP4Q13107 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP4Q13107 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP4Q13107 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP4Q13107 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP4Q13107 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP4Q13107 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP4Q13107 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP4Q13107 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP4Q13107 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP4Q13107 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP4Q13107 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP4Q13107 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP4Q13107 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP4Q13107 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP4Q13107 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP4Q13107 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
USP4Q13107 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP4Q13107 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP4Q13107 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP4Q13107 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP4Q13107 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP4Q13107 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP4Q13107 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP4Q13107 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP4Q13107 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP4Q13107 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP4Q13107 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP4Q13107 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP4Q13107 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP4Q13107 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP4Q13107 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP4Q13107 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP4Q13107 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP4Q13107 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP4Q13107 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP4Q13107 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP4Q13107 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP4Q13107 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
USP4Q13107 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP4Q13107 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP4Q13107 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
USP4Q13107 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP4Q13107 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP4Q13107 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP4Q13107 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP4Q13107 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP4Q13107 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP4Q13107 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP4Q13107 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP4Q13107 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP4Q13107 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP4Q13107 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP4Q13107 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP4Q13107 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP4Q13107 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP4Q13107 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
USP4Q13107 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP4Q13107 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP4Q13107 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP4Q13107 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP4Q13107 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP4Q13107 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP4Q13107 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP4Q13107 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP4Q13107 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP4Q13107 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP4Q13107 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP4Q13107 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
USP4Q13107 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
USP4Q13107 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP4Q13107 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP4Q13107 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP4Q13107 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP4Q13107 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP4Q13107 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP4Q13107 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP4Q13107 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP4Q13107 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
USP4Q13107 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC26.39■■□□□ 1.81
USP4Q13107 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
USP4Q13107 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP4Q13107 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP4Q13107 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 115.4 ms