Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
HDDC3Q8N4P3 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
HDDC3Q8N4P3 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
HDDC3Q8N4P3 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
HDDC3Q8N4P3 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
HDDC3Q8N4P3 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
HDDC3Q8N4P3 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
HDDC3Q8N4P3 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
HDDC3Q8N4P3 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
HDDC3Q8N4P3 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
HDDC3Q8N4P3 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
HDDC3Q8N4P3 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC25.82■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HDDC3Q8N4P3 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC25.76■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25.75■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.7■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
HDDC3Q8N4P3 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.3 ms