Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USF3Q68DE3 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC22■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USF3Q68DE3 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC21.89■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
USF3Q68DE3 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.7 ms