Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXA4Q00056 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXA4Q00056 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms