Protein–RNA interactions for Protein: A0A087WT01

TRAV27, T-cell receptor alpha variable 27 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 109 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAV27A0A087WT01 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRAV27A0A087WT01 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRAV27A0A087WT01 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRAV27A0A087WT01 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRAV27A0A087WT01 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRAV27A0A087WT01 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRAV27A0A087WT01 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRAV27A0A087WT01 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRAV27A0A087WT01 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRAV27A0A087WT01 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRAV27A0A087WT01 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRAV27A0A087WT01 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC23■■□□□ 1.27
TRAV27A0A087WT01 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms