Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC36.21■■■■□ 3.39
NPHP3Q7Z494 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC36.2■■■■□ 3.39
NPHP3Q7Z494 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.18■■■■□ 3.38
NPHP3Q7Z494 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
NPHP3Q7Z494 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
NPHP3Q7Z494 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
NPHP3Q7Z494 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
NPHP3Q7Z494 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
NPHP3Q7Z494 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
NPHP3Q7Z494 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC36.16■■■■□ 3.38
NPHP3Q7Z494 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
NPHP3Q7Z494 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC36.15■■■■□ 3.38
NPHP3Q7Z494 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
NPHP3Q7Z494 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.13■■■■□ 3.37
NPHP3Q7Z494 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
NPHP3Q7Z494 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC36.1■■■■□ 3.37
NPHP3Q7Z494 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
NPHP3Q7Z494 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.09■■■■□ 3.37
NPHP3Q7Z494 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC36.09■■■■□ 3.37
NPHP3Q7Z494 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
NPHP3Q7Z494 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
NPHP3Q7Z494 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
NPHP3Q7Z494 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
NPHP3Q7Z494 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
NPHP3Q7Z494 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.37
NPHP3Q7Z494 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.07■■■■□ 3.36
NPHP3Q7Z494 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.06■■■■□ 3.36
NPHP3Q7Z494 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC36.05■■■■□ 3.36
NPHP3Q7Z494 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
NPHP3Q7Z494 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC36.04■■■■□ 3.36
NPHP3Q7Z494 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC36.04■■■■□ 3.36
NPHP3Q7Z494 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
NPHP3Q7Z494 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
NPHP3Q7Z494 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
NPHP3Q7Z494 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC36.02■■■■□ 3.36
NPHP3Q7Z494 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
NPHP3Q7Z494 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
NPHP3Q7Z494 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.02■■■■□ 3.36
NPHP3Q7Z494 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
NPHP3Q7Z494 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
NPHP3Q7Z494 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.35
NPHP3Q7Z494 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
NPHP3Q7Z494 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
NPHP3Q7Z494 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC36■■■■□ 3.35
NPHP3Q7Z494 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
NPHP3Q7Z494 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC35.99■■■■□ 3.35
NPHP3Q7Z494 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.98■■■■□ 3.35
NPHP3Q7Z494 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
NPHP3Q7Z494 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
NPHP3Q7Z494 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
NPHP3Q7Z494 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
NPHP3Q7Z494 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC35.96■■■■□ 3.35
NPHP3Q7Z494 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC35.96■■■■□ 3.35
NPHP3Q7Z494 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
NPHP3Q7Z494 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.95■■■■□ 3.35
NPHP3Q7Z494 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC35.95■■■■□ 3.35
NPHP3Q7Z494 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.34
NPHP3Q7Z494 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
NPHP3Q7Z494 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC35.93■■■■□ 3.34
NPHP3Q7Z494 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC35.93■■■■□ 3.34
NPHP3Q7Z494 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.92■■■■□ 3.34
NPHP3Q7Z494 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
NPHP3Q7Z494 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.91■■■■□ 3.34
NPHP3Q7Z494 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC35.91■■■■□ 3.34
NPHP3Q7Z494 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
NPHP3Q7Z494 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.91■■■■□ 3.34
NPHP3Q7Z494 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
NPHP3Q7Z494 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
NPHP3Q7Z494 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
NPHP3Q7Z494 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
NPHP3Q7Z494 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC35.88■■■■□ 3.33
NPHP3Q7Z494 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC35.88■■■■□ 3.33
NPHP3Q7Z494 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC35.88■■■■□ 3.33
NPHP3Q7Z494 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC35.88■■■■□ 3.33
NPHP3Q7Z494 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
NPHP3Q7Z494 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC35.85■■■■□ 3.33
NPHP3Q7Z494 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC35.85■■■■□ 3.33
NPHP3Q7Z494 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC35.85■■■■□ 3.33
NPHP3Q7Z494 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
NPHP3Q7Z494 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
NPHP3Q7Z494 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.32
NPHP3Q7Z494 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.32
NPHP3Q7Z494 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC35.81■■■■□ 3.32
NPHP3Q7Z494 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC35.8■■■■□ 3.32
NPHP3Q7Z494 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
NPHP3Q7Z494 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
NPHP3Q7Z494 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
NPHP3Q7Z494 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC35.78■■■■□ 3.32
NPHP3Q7Z494 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.77■■■■□ 3.32
NPHP3Q7Z494 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.77■■■■□ 3.32
NPHP3Q7Z494 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.32
NPHP3Q7Z494 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC35.76■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC35.76■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC35.76■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC35.75■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC35.75■■■■□ 3.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 518.9 ms