Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM40Q6P9F5 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
TRIM40Q6P9F5 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM40Q6P9F5 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM40Q6P9F5 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM40Q6P9F5 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM40Q6P9F5 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM40Q6P9F5 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM40Q6P9F5 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM40Q6P9F5 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM40Q6P9F5 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM40Q6P9F5 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM40Q6P9F5 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRIM40Q6P9F5 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRIM40Q6P9F5 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TRIM40Q6P9F5 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms