Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VIMP08670 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VIMP08670 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VIMP08670 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VIMP08670 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VIMP08670 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VIMP08670 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VIMP08670 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VIMP08670 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VIMP08670 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VIMP08670 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VIMP08670 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VIMP08670 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VIMP08670 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
VIMP08670 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
VIMP08670 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
VIMP08670 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VIMP08670 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
VIMP08670 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VIMP08670 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VIMP08670 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
VIMP08670 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
VIMP08670 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VIMP08670 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VIMP08670 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VIMP08670 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VIMP08670 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VIMP08670 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VIMP08670 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VIMP08670 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VIMP08670 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VIMP08670 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VIMP08670 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
VIMP08670 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VIMP08670 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VIMP08670 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VIMP08670 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VIMP08670 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VIMP08670 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VIMP08670 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VIMP08670 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VIMP08670 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VIMP08670 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VIMP08670 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VIMP08670 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VIMP08670 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VIMP08670 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
VIMP08670 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VIMP08670 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VIMP08670 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VIMP08670 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VIMP08670 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VIMP08670 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VIMP08670 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VIMP08670 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VIMP08670 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VIMP08670 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VIMP08670 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VIMP08670 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VIMP08670 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VIMP08670 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VIMP08670 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VIMP08670 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VIMP08670 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VIMP08670 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VIMP08670 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VIMP08670 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VIMP08670 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VIMP08670 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VIMP08670 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VIMP08670 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VIMP08670 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VIMP08670 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VIMP08670 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VIMP08670 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VIMP08670 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VIMP08670 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VIMP08670 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VIMP08670 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VIMP08670 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VIMP08670 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VIMP08670 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VIMP08670 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VIMP08670 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VIMP08670 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
VIMP08670 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VIMP08670 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
VIMP08670 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VIMP08670 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VIMP08670 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VIMP08670 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VIMP08670 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VIMP08670 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VIMP08670 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VIMP08670 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VIMP08670 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VIMP08670 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VIMP08670 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VIMP08670 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VIMP08670 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.1 ms