Protein–RNA interactions for Protein: Q9GZZ0

HOXD1, Homeobox protein Hox-D1, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD1Q9GZZ0 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXD1Q9GZZ0 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXD1Q9GZZ0 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXD1Q9GZZ0 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXD1Q9GZZ0 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXD1Q9GZZ0 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXD1Q9GZZ0 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXD1Q9GZZ0 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXD1Q9GZZ0 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXD1Q9GZZ0 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXD1Q9GZZ0 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXD1Q9GZZ0 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXD1Q9GZZ0 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXD1Q9GZZ0 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXD1Q9GZZ0 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXD1Q9GZZ0 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HOXD1Q9GZZ0 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
HOXD1Q9GZZ0 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HOXD1Q9GZZ0 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.46
HOXD1Q9GZZ0 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD1Q9GZZ0 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
HOXD1Q9GZZ0 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXD1Q9GZZ0 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXD1Q9GZZ0 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXD1Q9GZZ0 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms