Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYV2

TRIM54, Tripartite motif-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM54Q9BYV2 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM54Q9BYV2 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM54Q9BYV2 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM54Q9BYV2 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM54Q9BYV2 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM54Q9BYV2 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM54Q9BYV2 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM54Q9BYV2 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM54Q9BYV2 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM54Q9BYV2 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM54Q9BYV2 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
TRIM54Q9BYV2 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRIM54Q9BYV2 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25.64■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRIM54Q9BYV2 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRIM54Q9BYV2 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRIM54Q9BYV2 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM54Q9BYV2 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM54Q9BYV2 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM54Q9BYV2 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM54Q9BYV2 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM54Q9BYV2 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM54Q9BYV2 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM54Q9BYV2 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM54Q9BYV2 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM54Q9BYV2 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM54Q9BYV2 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM54Q9BYV2 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM54Q9BYV2 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM54Q9BYV2 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM54Q9BYV2 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM54Q9BYV2 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM54Q9BYV2 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM54Q9BYV2 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM54Q9BYV2 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM54Q9BYV2 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM54Q9BYV2 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM54Q9BYV2 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM54Q9BYV2 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM54Q9BYV2 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM54Q9BYV2 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM54Q9BYV2 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM54Q9BYV2 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms