Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC20.66■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC20.66■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
RPUSD4Q96CM3 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
RPUSD4Q96CM3 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
RPUSD4Q96CM3 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
RPUSD4Q96CM3 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms