Protein–RNA interactions for Protein: Q709C8

VPS13C, Vacuolar protein sorting-associated protein 13C, humanhuman

Predictions only

Length 3,753 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS13CQ709C8 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS13CQ709C8 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS13CQ709C8 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS13CQ709C8 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS13CQ709C8 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS13CQ709C8 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS13CQ709C8 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS13CQ709C8 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS13CQ709C8 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS13CQ709C8 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS13CQ709C8 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS13CQ709C8 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS13CQ709C8 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS13CQ709C8 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS13CQ709C8 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS13CQ709C8 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS13CQ709C8 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS13CQ709C8 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS13CQ709C8 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS13CQ709C8 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS13CQ709C8 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS13CQ709C8 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS13CQ709C8 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS13CQ709C8 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS13CQ709C8 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS13CQ709C8 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS13CQ709C8 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS13CQ709C8 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS13CQ709C8 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS13CQ709C8 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS13CQ709C8 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS13CQ709C8 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS13CQ709C8 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS13CQ709C8 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS13CQ709C8 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 147.7 ms