Protein–RNA interactions for Protein: Q9NNX9

VCX3A, Variable charge X-linked protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCX3AQ9NNX9 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VCX3AQ9NNX9 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VCX3AQ9NNX9 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VCX3AQ9NNX9 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VCX3AQ9NNX9 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VCX3AQ9NNX9 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VCX3AQ9NNX9 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VCX3AQ9NNX9 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VCX3AQ9NNX9 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VCX3AQ9NNX9 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VCX3AQ9NNX9 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VCX3AQ9NNX9 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VCX3AQ9NNX9 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VCX3AQ9NNX9 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VCX3AQ9NNX9 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VCX3AQ9NNX9 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VCX3AQ9NNX9 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VCX3AQ9NNX9 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VCX3AQ9NNX9 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
VCX3AQ9NNX9 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VCX3AQ9NNX9 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VCX3AQ9NNX9 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VCX3AQ9NNX9 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VCX3AQ9NNX9 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VCX3AQ9NNX9 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VCX3AQ9NNX9 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VCX3AQ9NNX9 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VCX3AQ9NNX9 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VCX3AQ9NNX9 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VCX3AQ9NNX9 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VCX3AQ9NNX9 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VCX3AQ9NNX9 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VCX3AQ9NNX9 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
VCX3AQ9NNX9 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VCX3AQ9NNX9 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VCX3AQ9NNX9 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VCX3AQ9NNX9 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VCX3AQ9NNX9 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VCX3AQ9NNX9 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VCX3AQ9NNX9 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VCX3AQ9NNX9 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VCX3AQ9NNX9 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VCX3AQ9NNX9 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
VCX3AQ9NNX9 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VCX3AQ9NNX9 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VCX3AQ9NNX9 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VCX3AQ9NNX9 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VCX3AQ9NNX9 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VCX3AQ9NNX9 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VCX3AQ9NNX9 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VCX3AQ9NNX9 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VCX3AQ9NNX9 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VCX3AQ9NNX9 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VCX3AQ9NNX9 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VCX3AQ9NNX9 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VCX3AQ9NNX9 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VCX3AQ9NNX9 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VCX3AQ9NNX9 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VCX3AQ9NNX9 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VCX3AQ9NNX9 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VCX3AQ9NNX9 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.7 ms