Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC26.96■■□□□ 1.91
HDDC3Q8N4P3 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC26.93■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.93■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC26.92■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
HDDC3Q8N4P3 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
HDDC3Q8N4P3 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
HDDC3Q8N4P3 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
HDDC3Q8N4P3 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
HDDC3Q8N4P3 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC26.85■■□□□ 1.89
HDDC3Q8N4P3 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
HDDC3Q8N4P3 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC26.85■■□□□ 1.89
HDDC3Q8N4P3 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
HDDC3Q8N4P3 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
HDDC3Q8N4P3 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
HDDC3Q8N4P3 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
HDDC3Q8N4P3 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
HDDC3Q8N4P3 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
HDDC3Q8N4P3 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
HDDC3Q8N4P3 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
HDDC3Q8N4P3 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
HDDC3Q8N4P3 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
HDDC3Q8N4P3 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
HDDC3Q8N4P3 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
HDDC3Q8N4P3 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
HDDC3Q8N4P3 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
HDDC3Q8N4P3 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
HDDC3Q8N4P3 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
HDDC3Q8N4P3 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
HDDC3Q8N4P3 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HDDC3Q8N4P3 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
HDDC3Q8N4P3 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
HDDC3Q8N4P3 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
HDDC3Q8N4P3 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
HDDC3Q8N4P3 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
HDDC3Q8N4P3 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
HDDC3Q8N4P3 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HDDC3Q8N4P3 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
HDDC3Q8N4P3 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
HDDC3Q8N4P3 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
HDDC3Q8N4P3 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
HDDC3Q8N4P3 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
HDDC3Q8N4P3 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
HDDC3Q8N4P3 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
HDDC3Q8N4P3 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HDDC3Q8N4P3 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HDDC3Q8N4P3 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
HDDC3Q8N4P3 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
HDDC3Q8N4P3 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
HDDC3Q8N4P3 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HDDC3Q8N4P3 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
HDDC3Q8N4P3 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
HDDC3Q8N4P3 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HDDC3Q8N4P3 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HDDC3Q8N4P3 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
HDDC3Q8N4P3 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms