Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL4A4P53420 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL4A4P53420 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
COL4A4P53420 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
COL4A4P53420 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL4A4P53420 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL4A4P53420 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL4A4P53420 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL4A4P53420 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL4A4P53420 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL4A4P53420 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL4A4P53420 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL4A4P53420 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL4A4P53420 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL4A4P53420 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL4A4P53420 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL4A4P53420 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL4A4P53420 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL4A4P53420 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL4A4P53420 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL4A4P53420 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL4A4P53420 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL4A4P53420 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
COL4A4P53420 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL4A4P53420 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
COL4A4P53420 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL4A4P53420 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL4A4P53420 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL4A4P53420 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL4A4P53420 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL4A4P53420 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL4A4P53420 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL4A4P53420 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
COL4A4P53420 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
COL4A4P53420 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
COL4A4P53420 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL4A4P53420 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
COL4A4P53420 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL4A4P53420 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL4A4P53420 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL4A4P53420 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL4A4P53420 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL4A4P53420 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL4A4P53420 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL4A4P53420 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL4A4P53420 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL4A4P53420 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL4A4P53420 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL4A4P53420 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL4A4P53420 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL4A4P53420 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL4A4P53420 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL4A4P53420 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL4A4P53420 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL4A4P53420 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL4A4P53420 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL4A4P53420 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL4A4P53420 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL4A4P53420 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL4A4P53420 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL4A4P53420 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL4A4P53420 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL4A4P53420 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL4A4P53420 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL4A4P53420 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.7 ms