Protein–RNA interactions for Protein: P40938

RFC3, Replication factor C subunit 3, humanhuman

Predictions only

Length 356 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFC3P40938 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RFC3P40938 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
RFC3P40938 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RFC3P40938 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
RFC3P40938 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
RFC3P40938 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
RFC3P40938 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
RFC3P40938 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
RFC3P40938 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.4■■□□□ 1.5
RFC3P40938 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
RFC3P40938 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
RFC3P40938 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
RFC3P40938 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
RFC3P40938 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
RFC3P40938 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
RFC3P40938 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RFC3P40938 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
RFC3P40938 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RFC3P40938 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.37■■□□□ 1.49
RFC3P40938 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RFC3P40938 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
RFC3P40938 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
RFC3P40938 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
RFC3P40938 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RFC3P40938 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RFC3P40938 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RFC3P40938 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RFC3P40938 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RFC3P40938 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RFC3P40938 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
RFC3P40938 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RFC3P40938 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
RFC3P40938 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
RFC3P40938 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
RFC3P40938 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
RFC3P40938 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
RFC3P40938 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
RFC3P40938 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
RFC3P40938 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
RFC3P40938 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
RFC3P40938 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
RFC3P40938 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
RFC3P40938 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RFC3P40938 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RFC3P40938 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RFC3P40938 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
RFC3P40938 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RFC3P40938 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
RFC3P40938 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
RFC3P40938 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
RFC3P40938 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RFC3P40938 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
RFC3P40938 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RFC3P40938 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RFC3P40938 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
RFC3P40938 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
RFC3P40938 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
RFC3P40938 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
RFC3P40938 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
RFC3P40938 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
RFC3P40938 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
RFC3P40938 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
RFC3P40938 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
RFC3P40938 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
RFC3P40938 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
RFC3P40938 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
RFC3P40938 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
RFC3P40938 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
RFC3P40938 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
RFC3P40938 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
RFC3P40938 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
RFC3P40938 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
RFC3P40938 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
RFC3P40938 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
RFC3P40938 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
RFC3P40938 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
RFC3P40938 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
RFC3P40938 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
RFC3P40938 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
RFC3P40938 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
RFC3P40938 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
RFC3P40938 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
RFC3P40938 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
RFC3P40938 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
RFC3P40938 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
RFC3P40938 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
RFC3P40938 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
RFC3P40938 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
RFC3P40938 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
RFC3P40938 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.13■■□□□ 1.45
RFC3P40938 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
RFC3P40938 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
RFC3P40938 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
RFC3P40938 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
RFC3P40938 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
RFC3P40938 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
RFC3P40938 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RFC3P40938 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
RFC3P40938 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RFC3P40938 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms