Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT2P34897 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT2P34897 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SHMT2P34897 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SHMT2P34897 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SHMT2P34897 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHMT2P34897 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHMT2P34897 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHMT2P34897 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHMT2P34897 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHMT2P34897 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SHMT2P34897 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHMT2P34897 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
SHMT2P34897 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
SHMT2P34897 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHMT2P34897 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHMT2P34897 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHMT2P34897 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHMT2P34897 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
SHMT2P34897 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SHMT2P34897 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHMT2P34897 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SHMT2P34897 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83.1 ms