Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.51■■□□□ 1.83
PTPN4P29074 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
PTPN4P29074 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
PTPN4P29074 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
PTPN4P29074 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
PTPN4P29074 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
PTPN4P29074 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
PTPN4P29074 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
PTPN4P29074 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
PTPN4P29074 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
PTPN4P29074 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
PTPN4P29074 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
PTPN4P29074 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
PTPN4P29074 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
PTPN4P29074 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
PTPN4P29074 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.83
PTPN4P29074 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
PTPN4P29074 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
PTPN4P29074 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
PTPN4P29074 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
PTPN4P29074 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
PTPN4P29074 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
PTPN4P29074 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
PTPN4P29074 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
PTPN4P29074 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
PTPN4P29074 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
PTPN4P29074 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
PTPN4P29074 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
PTPN4P29074 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
PTPN4P29074 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
PTPN4P29074 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
PTPN4P29074 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
PTPN4P29074 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
PTPN4P29074 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
PTPN4P29074 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
PTPN4P29074 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
PTPN4P29074 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
PTPN4P29074 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
PTPN4P29074 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
PTPN4P29074 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
PTPN4P29074 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
PTPN4P29074 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
PTPN4P29074 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
PTPN4P29074 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
PTPN4P29074 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
PTPN4P29074 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
PTPN4P29074 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
PTPN4P29074 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
PTPN4P29074 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
PTPN4P29074 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
PTPN4P29074 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
PTPN4P29074 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
PTPN4P29074 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
PTPN4P29074 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
PTPN4P29074 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
PTPN4P29074 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
PTPN4P29074 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
PTPN4P29074 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.8 ms